С несомненностью установлено, что прототипом одного из самых привлекательных образов романа — доктора Ларивьера — послужил отец писателя. Флобер писал о нем: у него были «…крепкие мясистые руки, — очень красивые руки, на которых никогда не было перчаток, словно они всегда торопились погрузиться в человеческие страдания. Он презирал чины, кресты и академии, был гостеприимен и щедр, к бедным относился, как родной отец, и, не веря в добродетель, был ее образцом… Взгляд его был острее ланцета, — он проникал прямо в душу и, отбрасывая все обиняки и стыдливые недомолвки, сразу вскрывал всякую ложь. Так держал он себя, исполненный того добродушного величия, которое дается сознанием высокого таланта, счастья и сорокалетней безупречной трудовой жизни».

Говорить о полном тождестве других образов романа с какими-то конкретными прототипами, как это делают зарубежные исследователи, невозможно.

Если верить, что Флобер точно воспроизвел семейную драму Деламара и его жены Дельфины, то Эмма должна была проявить больше настойчивости, чтобы завоевать Шарля; Родольф, в соответствии с прототипом, должен быть сентиментальнее, чем он есть в романе; в отце Эммы должно быть меньше простодушия и больше мещанской спеси и нетерпимости… Буквального тождества нет. Исходя из общего замысла романа, Флобер акцентировал в Эмме наклонность к мечтательности, а в Родольфе — его чувственный, животный темперамент. Однако суть дела была совсем не в этом. Флобер подверг вдумчивому, творческому осмыслению образы людей, реально бытовавших, прежде чем показал их в романе. Он связал в единое, противоречивое целое романтические устремления Эммы с ее «положительным духом», он установил общую почву, соединявшую в одно целое в образе Родольфа слащавую сентиментальность и животную грубость. Это было такое глубокое, подсказанное эпохой крушение романтических иллюзий, переосмысление реальных бытовых фигур, что Флобер имел право утверждать в своих письмах, что он выдумал эту историю, когда его спрашивали о прототипах. И это была правда. В этом и разгадка того смущавшего исследователей противоречия между реальным происхождением образов романа и отрицанием со стороны Флобера за ними фактического, бытового прообраза. Зато с тем большей охотой он говорил о широком типическом значении Бовари или Омэ. И это тоже была правда.

По словам Флобера, он начал обдумывать «Госпожу Бовари» совсем в ином плане, чем тот, который получился в окончательной редакции. Сперва он представлял себе героиню девственницей, которая живет в провинциальной среде, стареет от огорчений и доходит до крайнего мистицизма в мечтах по воображаемой страсти. Отказавшись от первоначальных планов, Флобер впоследствии говорил: я придумал героиню, женщину, которая встречается чаще других. По его словам, он хотел передать в книге ощущение цвета плесени. Заставив Эмму Бовари жить в реальной мещанской среде, писатель перенес внимание на ту действительную основу, которая с неизбежностью порождает у героини иллюзии, надежды и желания и приводит ее к катастрофе.