Подчеркивая широкое жизненно-типическое содержание, вложенное им в историю злоключений Эммы, Флобер замечает в одном из писем, что сейчас многие Бовари страдают и плачут во многих французских селениях. По богатству бытовых и психологических наблюдений над провинциальной средой, по глубине обобщения фактов рядовой житейской драмы роман этот — крупнейшее явление во французской литературе второй половины прошлого века. Роман по своему идейному значению вышел за пределы «банальной любовной истории», как расценивали его некоторые зарубежные литературные критики.

«Госпожа Бовари» печаталась в журнале «Парижское обозрение» в последние месяцы 1856 года. Флобер выразил свое возмущение тем, что редакторы журнала делали в тексте романа сокращения; они обосновывали эти купюры соображениями художественного и цензурного характера. «Парижское обозрение» было на подозрении у правительства как один из органов печати либерального направления. Печатание романа в журнале привлекло внимание властей. Автор романа, издатель и типограф были привлечены к суду за «оскорбление общественной морали, религии и добрых нравов».

Защищал роман, по поручению Флобера, адвокат Сенар, друг отца писателя. Прокурор Пинар обрушился в своей речи на Флобера, обвиняя его в пропаганде безнравственности, в прославлении адюльтера. Прокурор обвинял писателя в том, что его роман подрывает уважение к религии, так как в нем выведен в отрицательном виде служитель церкви. Пинар указывал, что источником безнравственных идей и описаний в литературе является реализм, связанный с духом демократии. Сенар же в своей речи подчеркивал нравственно положительную и религиозную направленность в образе мыслей Флобера, ссылался в оправдание писателя на примеры из французской классической литературы, отмечал безупречную репутацию семьи романиста и т.п. Флобер предоставил Сенару возможность распространяться насчет его благонадежности, хотя в действительности он, столь ненавидевший буржуазные порядки, был далек от «благонадежности». Постановлением суда с Флобера были сняты предъявленные ему прокурором обвинения, но, как выразился Флобер по этому поводу, «удар был нанесен».

Писателя потряс факт судебного разбирательства как проявление чудовищного «социального лицемерия».

Отклики многих критиков на роман были откровенно враждебными. За Флобером одни отрицали какую бы то ни было оригинальность, объявляли его подражателем Готье, Бальзака и других, иные расценивали «Госпожу Бовари» как одну из самых безнравственных книг, какие только известны им.