У мальчика эмоциональная связь с матерью может сохраниться на всю жизнь, предопределив его отношения с другими женщинами. В форме материнского образа Анима может быть перенесена на конкретную женщину, в результате чего мужчина становится сентиментальным и завистливым или вспыльчивым и деспотичным.

Аналогичная картина может иметь место и у женщин, когда запечатленный с детства образ отца становится тем Анимусом, который бессознательно проецируется на других мужчин, предопределяя тем самым соответствующие отношения с ними.

По мнению Юнга, архетип матери образует основу того, что называется комплексом матери. Этот комплекс возникает тогда, когда архетипические образы выступают в качестве чего-то чуждого, устрашающего, нарушающего органические отношения между матерью и ребенком.

Так, если мать ребенка отличается гиперзаботливостью, а он в своих сновидениях видит ее в виде страшной ведьмы, устрашающего паука или всепожирающего животного, то опасения, страхи и переживания способны породить такой раскол в его психике, в результате которого может иметь место его невротизация.

Материнский комплекс может по-разному сказываться на психике сыновей и дочерей. Для сына он может обернуться донжуанством (бессознательный поиск матери в каждой женщине), гомосексуальностью (застревание гетеросексуальных компонентов на матери) или психической импотенцией (идеализация матери с последующим перенесением ее на другую женщину, в результате чего наблюдается рассогласование между нежными и сексуальными чувствами, то есть мужчина оказывается способным к сексуальным связям только с теми женщинами, которых он не любит, и становится несостоятельным, если начинает испытывать к женщине любовь как к матери).

Материнский комплекс может иметь для сына не только негативные, но и позитивные последствия. Он способствует развитию вкуса и эстетического чувства, порождает качества воспитателя и наставника, делает возможным проявление нежной связи и установление дружбы между полами.

Юнг считал, что комплекс матери в чистом виде не проявляется у сына, поскольку в его отношениях с матерью наблюдается переплетение эротического притяжения и отталкивания. Половое различие ведет к тому, что в любом комплексе матери у мужчины играют важную роль как архетип матери, так и архетип Анимы, выступающий в качестве сексуального партнера. В чистом виде данный комплекс имеет место лишь у дочери, и он ведет либо к чрезмерному проявлению женского инстинкта, либо к его ослаблению, вплоть до затухания.

Рассматривая психологию женщин через призму комплекса матери, Юнг выделил четыре типа данного комплекса: гипертрофия материнского, преувеличение эроса, идентичность с матерью, защита от матери.