Появление в столице египетской армии в 20 тысяч человек и возвращение в гавань пятидесяти военных, посланных в свое время Египтом на помощь Помпею, создали для Цезаря с его явно недостаточными военными силами критическое положение, римлянам пришлось вести уличные бои, и вскоре они оказались на положении осажденных в Брухейоне. Занявший почти всю территорию города Ахилла пытался отрезать их от моря. Цезарю пришлось пойти на то, чтобы поджечь корабли, в том числе и находившиеся в доках. Распространившийся от доков пожар перебросился на александрийскую библиотеку. Для сохранения надежной связи с морем Цезарь спешно высадил своих солдат на остров Фарос и закрепился на нем.

Борьба продолжалась с переменным успехом. Потин был схвачен и казнен, но это мало что изменило в общем положении и расстановке сил. Арсиноя бежала из царского дворца к Ахилле и вместе с ним начала руководить военными действиями, впрочем, недолго: вскоре их отношения испортились, Арсиноя приказала убить Ахиллу, а командование поручила своему воспитателю евнуху Ганимеду.

Военные действия затягивались, и становилось ясно, что римлянам без основательной помощи не обойтись. Тогда Цезарь послал свое доверенное лицо Митридата Пергамского в Сирию и Киликию для срочной организации подкреплений. Митридат великолепно справился с возложенной на него задачей. Известный своим мужеством и знанием военного дела, он не только собрал большие силы и привел их к Пелусию, но внезапным энергичным штурмом взял этот сильно укрепленный город. Вскоре произошло решающее сражение в дельте Нила, египтяне были разбиты, на второй день их лагерь римляне взяли штурмом, Птолемею XIII пришлось бежать на корабль, который вместе с ним затонул спустя некоторое время, попав в шторм.

Сражение закончилось 27 марта 47 года, и в тот же вечер прибывший в Александрию Цезарь принял капитуляцию горожан. Возведя на престол Клеопатру и ее второго младшего брата Птолемея XIV, Цезарь совершил в обществе молодой царицы увеселительное путешествие вверх по Нилу к храму Исиды на острове Филы. Египет он покинул в июне; 2 августа в молниеносной войне против Боспорского царства одержал блестящую победу над Фарнаком [102], победу, с которой связано появление его ставшей крылатой фразы: «Veni, vidi, vici» — «Пришел, увидел, победил». В 48 году Цезарь разгромил собравшихся в Северной Африке помпеянцев.

Возвратившись в Рим, Цезарь отпраздновал пышные триумфы своих побед. После победы при Форсале он был объявлен пожизненным диктатором, а теперь сенат даровал ему еще титулы императора [103], с правом передачи его потомкам, и «отца отечества». 15 марта 44 года великий полководец пал жертвой заговора сенатской аристократии во главе с Брутом и Кассием.