До конца 49 года Цезарь улаживал безотлагательные дела в основном в Испании, которую полностью очистил от помпеянцев, и только 5 января 48 года, посадив в Брундизий на все имевшиеся в его распоряжении суда примерно 20 тысяч солдат, благополучно прибыл в Иллирию. Высадив свое войско, он в ту же ночь отослал все корабли назад за оставшимися легионами и конницей, однако флот помпеянцев подстерег их и уничтожил.

Балканская кампания началась в январе 48 года, так что для ее подготовки у Помпея было в распоряжении целых 10 месяцев. За это время он собрал большие силы в Македонии, где стояли девять легионов пехоты, куда союзные государства и города Востока выслали многочисленные вспомогательные отряды и куда на помощь Помпею спешили еще два легиона из Сирии. Кроме того, огромный флот в составе пятисот боевых тяжелых кораблей и множества легких сторожевых судов был сосредоточен у западных берегов Греции.

Располагая такими огромными силами [100], Помпеи намеревался спокойно перезимовать на Иллирийском побережье, где под защитой флота мог чувствовать себя спокойно и откуда ранней весной 48 года легко мог вторгнуться на территорию Италии.

Весть о приходе Цезаря застала Помпея на пути из Македонии к Диррахию; он предельно ускорил продвижение своих частей, опередив Цезаря, перешел реку Аре и расположился близ Диррахия. Цезарь разбил свой стан на противоположном берегу реки.

После полугодовой позиционной войны в середине июля под Диррахием произошло сражение, которое Цезарь проиграл, потеряв тысячу солдат. Чтобы не терпеть затруднений с продовольствием и, главное, не оказаться фактически в положении осажденного, Цезарь немедля двинул свое войско на юго-восток, в Фессалию. Найдя подходящие позиции возле города Фарсала, Цезарь разбил здесь лагерь и стал ожидать идущего вслед за ним с отставанием на несколько дней Помпея.

Несмотря на то что войско Помпея по численности почти в полтора раза превосходило войско Цезаря, 9 августа Помпей потерпел сокрушительное поражение и вынужден был бежать из своего лагеря с несколькими наиболее близкими друзьями в самый последний момент.

Не ведая отдыха, доскакал Помпей до берега Эгейского моря, нанял торговое судно и отплыл на остров Лесбос, в столице которого Митилене находились его жена Корнелия и один из сыновей. По совету друзей, Помпей решил отправиться в Египет, возможно, рассчитывая на благодарность Птолемея XIII, отцу которого в свое время помог сохранить корону. Корабль Помпея и сопровождавшие его несколько кораблей свиты (свита полководца за это время многократно увеличилась, в ней снова появились военачальники и сенаторы) пересекли море беспрепятственно. Птолемей находился со своим войском у Пелусия, ведя военные действия против войск Клеопатры. Помпей направился именно туда, выслав предварительно послов.