С 80-х годов XVI века часть вотчин в бывшем Стародубском княжестве постепенно была возвращена законным владельцам. Но «казанское сидение» нанесло серьёзный урон князьям Пожарским в служебно-местническом отношении. Их оттеснили старые княжеские роды и новое «боярство», выдвинувшееся в царствование Грозного. Таким образом, Пожарские, бывшие в XIV — начале XVI века одним из знатных родов Рюриковичей, были оттеснены на периферию, что дало повод советским именитым историкам называть их «захудалым родом».

Дмитрий Михайлович Пожарский родился 1 ноября 1578 года в Казанском крае. Но юность его прошла недалеко от Суздаля в родовом гнезде — селе Мугрееве у реки Лух. Дмитрий стал вторым ребёнком в семье, у него были старшая сестра Дарья и младший брат Василий. В 1587 году скончался отец, Михаил Фёдорович, и все заботы о семье пришлось взять на себя матери Марии Фёдоровне, урождённой Беклемишевой.

Старинный дворянский род Беклемишевых вёл свою родословную от некоего Гавриила, «мужа честна», выехавшего из Новгорода Великого из Прусского конца на службу в Москву к Василию I. Внук Гавриила Фёдор за что-то получил прозвище Беклемыш, и его потомков стали именовать Беклемишевыми. Правнук Фёдора Беклемыша Иван Никитич Беклемишев-Берсень[71] был очень близок к Ивану III. Так, в 1495 году в Новгородском походе он имел должность постельничего великого князя. Беклемишев-Берсень был знаменитым дипломатом своего времени, ездил послом в Литву и Крым. Сравнительно небольшой чин — он был думным дворянином — не мешал ему играть важную роль как в международной, так и во внутренней политике Ивана III. Иван Никитич пытался стать советником и у Василия III, но тот вообще начал пренебрегать Боярской думой. Берсень позволил себе вступить в спор в Боярской думе с Василием III по поводу Литовской войны. Великий князь рассвирепел и заорал: «Поди, смерд, прочь не надобен ми яси!»

Заметим, что таких речей в Думе никогда не позволяли себе ни Иван III, ни тем более его предшественники. Берсень же попал в опалу, а в 1525 году был по приказу Василия III обезглавлен на льду Москвы-реки. Однако на его потомство опала не была наложена.

Младший сын Берсеня Фёдор Никитич выдал в 1571 году свою дочь Ефросинью за Михаила Фёдоровича Пожарского. Уже в браке Ефросинья по каким-то причинам сменила своё имя на Марию.

Уже в девять лет Дмитрию Пожарскому довелось подписать деловую бумагу. После смерти мужа Мария Фёдоровна на помин его души отдала суздальскому Спас-Евфимиеву монастырю деревню. Жалованная грамота была составлена от имени наследника, и Дмитрий поставил под ней свою подпись.