Поражение Ходкевича не сплотило ополчения, а, наоборот, начались новые ссоры. Боярин Трубецкой требовал подчинения от Пожарского и Минина. Они-де должны были являться к нему в стан за приказаниями. Ведь князь Пожарский не бегал за боярством в Тушино и так и остался стольником. Те же помнили Ляпунова, да и не собирались подчиняться проходимцу.

В начале сентября среди казаков пошли разговоры, что надо уезжать из-под Москвы и отправляться гулять по северным русским городам. Заводчики кричали, что казаки голодны, раздеты и разуты и не могут стоять в осаде, а под Москвой пусть богатые дворяне остаются.

Если бы воровские казаки провалились в тартарары, Минин и Пожарский, наверное, перекрестились бы, но допустить разорения северных городов они не могли.

Воспользовавшись конфликтом между Пожарским и Трубецким, отдельные воеводы решили вообще никому не подчиняться. Так, 12 сентября князь Василий Тюфякин привёл из Одоева триста всадников и расположился отдельным лагерем, эдаким независимым полевым командиром.

Дело решил уладить троицкий архимандрит Дионисий. Он созвал монахов для совета: что делать? Денег в монастыре нет, нечего послать казакам, как их упросить остаться под Москвой? Решили послать казакам в заклад в тысячу рублей на короткое время церковные сокровища, ризы, стихари, епитрахили саженные и написали казакам грамоту. Расчёт Дионисия оказался правильным: суеверные казаки не решились брать в заклад церковные вещи. Два атамана отвезли утварь обратно в монастырь и дали монахам грамоту, в которой клятвенно обещали всё претерпеть, но не уйти от Москвы.

В свою очередь, воеводы договорились встречаться на нейтральной территории на реке Неглинной.

В районе Пушечного двора, в Егорьевском монастыре и у церкви Всех святых на Кулишках были построены осадные батареи, которые открыли круглосуточный огонь калёными ядрами и мортирными бомбами по Кремлю и Китай-городу. 20 сентября от калёных ядер начался сильный пожар, сгорело три дома во дворе князя Мстиславского, полякам с большим трудом удалось погасить огонь.

Пожарский и Трубецкой договорились перегородить Замоскворецкий полуостров глубоким рвом и палисадом от одного берега Москвы-реки до другого, чтобы исключить возможность провоза продовольствия полякам. Оба воеводы попеременно, день и ночь, следили за работами.

Некоторые историки обвиняют Сигизмунда в том, что он бросил московский гарнизон на произвол судьбы. Король действительно совершил много тактических и стратегических ошибок, главной из которых было столь долгое «сидение» под Смоленском. Осенью же 1612 года он делал всё, что мог. Но у короля опять не было денег. Он не заплатил польскому рыцарству за три летних месяца, и оно разъехалось по домам, забыв о своих коллегах в Москве. В итоге Сигизмунду пришлось отправиться в поход лишь с отрядом иностранных наёмников и несколькими эскадронами гусар из своей гвардии. Король двинулся из Смоленска на Москву через так называемые «царские ворота». Однако перед королём царские ворота сорвались с петель и загородили дорогу войскам. Королю пришлось выбираться из Смоленска окольным путём. Дорогой к королю присоединился Адам Жолкевский, племянник гетмана, со своей частной армией в 1200 всадников. Король с войском прибыл в Вязьму в самом конце октября. Но к этому времени уже произошла развязка затянувшейся драмы.