Летом 1615 года между Казанью и Нижним Новгородом расшалились «казаки», а точнее, банды местных татар, «многих понизовых городов татаровя и луговая черемиса заворовали, государю изменили, и собрався, многие места повоевали и сёла и деревни жгут, и многих людей в полон емлют и побивают». В декабре 1615 года в Казань для разбирательства с татарскими разбоями по приказу царя выехал боярин князь Григорий Петрович Ромодановский. С ним отправились и Кузьма Минин с дьяком Марком Поздеевым.
Из Казани Минин выехал в начале 1616 года. По дороге он разболелся и умер. Погребли Кузьму Минина в Нижнем Новгороде. По указу царя вотчину Минина село Богородское передали его вдове Татьяне Семёновне и сыну Нефедию, которому заодно и дали чин стряпчего. Нефедий присутствовал на обеих свадьбах царя Михаила, он нёс фонарь над государевой свечой «по пути из Грановитой палаты к венчанью».
В последний раз Нефедий Минин упомянут в официальных документах в 1628 году по случаю приезда в Москву персидского посла. Умер он бездетным где-то между 1628 и 1632 годами. Мать его Татьяна Семёновна ушла в монастырь. Так пресёкся род Мининых. В 1632 году вотчина Мининых село Богородское была пожалована в поместье князю Якову Куденековичу Черкасскому. Дом Кузьмы Минина в Нижнем Новгороде отдан царской невесте Марье Хлоповой, а после её смерти в 1633 году отдан князьям Ивану Борисовичу и Якову Куденековичу Черкасским.
Неблагодарные соотечественники поступили с прахом Кузьмы Минина ещё более по-свински, чем с прахом князя Пожарского. Первоначально Минин был похоронен с наружной стороны Спасо-Преображенского собора у алтаря. Со временем старый храм совсем обветшал, и в 1672 году останки Минина были перенесены в новое здание. В 1834 году могилу Кузьмы вновь разрыли и перенесли в склеп под собором, где его гробница была поставлена рядом с гробницами нижегородских князей.
Сто лет прах Кузьмы Минина не беспокоили, но летом 1929 года уже большевистское начальство решило снести Спасо-Преображенский собор, а на его месте построить местный Дом Советов. В ходе разборки собора 6 октября 1929 года состоялось вскрытие гробницы Кузьмы Минина. Акт вскрытия был подписан заведующим партийным архивом С. И. Богодиным, прорабом В. В. Медведевым, краеведом И. И. Вишневским и неким А. А. Евстафьевым, род занятий которого не установлен. Кости из гробницы Минина были перенесены в помещение крайисполкома, а сотрудник музея М. П. Званцев по останкам костей определил, что они принадлежат троим: ребёнку и двум взрослым. Это же подтвердила и проведённая впоследствии судебно-медицинская экспертиза. 9 октября 1929 года в газете «Нижегородская коммуна» была опубликована статья «Вскрытие гробницы Минина», где сообщалось, что прах Минина несколько раз переносился с места на место, и «...по-видимому, часть останков при перенесении потеряли и были вынуждены заменить их первыми попавшимися под руку частями скелета. Точно такое же содержание гробов было и при вскрытии гробниц (нижегородских князей. —