В 2 часа 15 минут раздался первый пушечный выстрел, и «Принцесса Мария» с останками погибших героев, минуя Константиновскую батарею, вошла в бухту и отдала якорь напротив Графской пристани. Все боевые суда в знак траура приспустили кормовые флаги и послышались звуки «Коль славен»… С Графской пристани к «Принцессе Марии», на юте которой был установлен траурный шатер, подходит траурная баржа и металлические гробы с останками борцов за свободу переносят на баржу… За несколько минут до отхода баржи на пристань прибыл командующий флотом вице-адмирал А.В. Колчак…

Баржа медленно подошла к берегу. Замолкли звуки музыки, закреплены концы и установлена сходня, по которой поднимается представитель РСДРП… Народ в это время буквально усеял крыши и балконы прилегающих к пристани домов. Шествие тронулось… на руках матросов и офицеров гробы Шмидта, Частника, Антоненко и Гладкова. За гробом Шмидта шел командующий флотом адмирал Колчак… Гробы были внесены в нижний храм Покровского собора, где будут находиться до устройства склепа. Еще долго стройными рядами проходили десятки тысяч граждан мимо собора…»

Неразбериха на флоте увеличивалась с каждым днем. Запутанность распоряжений усугублялась созданием в Севастополе местной Украинской Рады. Центральная Рада и местные Рады агитировали за укомплектование Черноморского флота только украинцами и требовали перевода моряков-украинцев из других флотов и флотилий на Черноморский флот.

Разногласия между командованием флота и Советом депутатов армии, флота и рабочих все увеличивались, доходя до прямого неповиновения приказам. А.В. Колчак в своем донесении Временному Правительству писал: «Центральный Комитет Совета за последнее время своей деятельности сделал невозможным командование флотом. Работа комитета ведет не к поддержанию боевой мощи флота, а к его развалу. Сегодня Центральный Комитет потребовал от помощника главного командира порта Петрова исполнения не подтвержденных мною постановлений комитета и, получив от него отказ в исполнении таковых, арестовал его, несмотря на мое требование не делать этого. Считая, что этим поступком и рядом других предшествовавших постановлений Центральный Комитет вступил на путь не поддержания дисциплины и порядка во флоте, а разложения флота, при котором власть командования совершенно дискредитирована, причем я лишен возможности осуществлять управление флотом, прошу заменить меня другим лицом…

Колчак».

Вице-адмирал А.В. Колчак срочно выехал в Петроград, о чем газета «Крымский вестник» № 113 от 16 мая 1917 года опубликовала заметку: