Виоланта Беатриса приступила к управлению Сиеной и поселилась в центре города, во дворце Медичи. Это палаццо было перестроено из старого в конце XVI века по проекту Бернардо Буонталенти. Сейчас в этом здании находится отделение полиции, которая работает с иммигрантами (questura). Самым памятным актом во время правления принцессы была реформа административного деления Сиены: в 1729 году она узаконила границы семнадцати контрад города и запретила образование новых. Эти правила, установленные Виолантой, действуют и по сей день. Она оказалась талантливым губернатором, не отказывалась в случае необходимости спросить совета у своего свекра Козимо III и всегда выслушивала просьбы простого народа. При этом принцесса в равной степени балансировала между общими интересами государства и сиенской местной автономии.

Виоланта ввела несколько новых правил проведения Палио: участие не всех семнадцати, а только десяти контрад: семь из них – это те, которые не участвовали в предыдущих скачках, а три выбирали по жребию за месяц до начала новых. Для участия в Палио привозили отборных арабских скакунов, которых выбирали путем жеребьевки капитаны контрад за четыре дня до скачек. Она определила регламент исторической процессии, предшествующей Палио, костюмы с цветами контрад и вознаграждение жокею, а также общие правила общественного порядка в конце скачек. Эти правила тоже действуют до сих пор.

Но Виоланта при этом не жила постоянно в Сиене: после смерти Козимо III в 1723 году новый герцог Жан Гастон пожелал, чтобы она вернулась во Флоренцию ко двору. Поэтому с тех пор она управляла Сиеной из столицы Тосканы и только изредка приезжала туда. Принцесса очень любила проводить время на загородной вилле Лапеджи, потом она совершила поездку в Рим по приглашению папы Бенедикта XIII, который даровал ей Золотую Розу в знак признания ее заслуг перед Святым престолом. Впоследствии принцесса часто уезжала в Рим и гостила на вилле Мадама. Виоланта много занималась благотворительностью, посещала больных, помогала людям, нуждающимся экономически, обеспечивала образование и приют сиротам.

Принцесса оказалась тонким знатоком живописи и литературы, она окружила себя художниками, писателями и поэтами. Живописец и керамист Фердинандо Мария Кампани создал для нее майоликовые тарелки с украшениями в стиле позднего барокко. Многие писатели, поэты, музыканты и художники посвятили ей некоторые из своих произведений. Это был не только жест, принятый в те времена для получения благосклонности и покровительства, но и искреннее признание ее интеллектуального уровня. Интерес Виоланты к культуре и литературе не ограничивался только поэтами, писателями и художниками, он распространяется дальше. Принцесса основала женскую академию Чименто (эксперимента), в отличие от мужского эквивалента, поддерживала связь со старейшей литературной академией Интронати в Сиене. Интронати (intronati) переводится «оглашенные», это название было выбрано с иронией. Литераторы устали от «шумов» внешнего мира, которые их «оглушали», и заперлись в помещении Академии в центре города. Члены этой Академии назвали Виоланту «очень привлекательной и великодушной покровительницей». Она также оказывала услуги другим важным сиенским академиям: Роззи и Казино де Нобили.