Настойчивость Михаила VIII в деле насаждения унии в какой-то мере объяснялась и его крайне натянутыми отношениями с православной церковью, оппозицию которой он намеревался сломить с помощью нового веяния. Дело в том, что после взятия Константинополя Палеолог ясно показал, чего стоили все его клятвы в отношении Иоанна IV Ласкариса. После ослепления мальчика-царя возмущенный патриарх Арсений подверг автократора церковному отлучению. В 1265 г. император лишил трона строптивого патриарха, но его преемника Германа большая часть духовенства не признала. Сменивший Германа Иосиф I длительное время отказывался снять наложенную на василевса епитимью, и сделал это лишь после унизительной для монарха процедуры, когда тот ползал на коленях перед патриархом и публично каялся в своих грехах.

Попытку унии со «схизматиками», память о владычестве которых была еще так свежа, византийское общество отвергло практически единогласно. Церковные устремления Михаила VIII поддержала лишь малая часть интеллигенции. Репрессии возбуждали ненависть народа к патриарху Векку и императору — «второму Юлиану». Начались волнения и эмиграция населения из столицы. Католическая церковь, в свою очередь, не выполнила взятых обязательств — в той части, которая касалась прекращения антивизантийской кампании на Западе и раздувания ненависти к греческой империи. В результате к началу 1280-х гг. Михаил VIII сам прекратил попытки насадить «единение». Западное духовенство незамедлительно обвинило императора в провале унии, а папа Мартин IV в 1281 г. отлучил его от церкви — на этот раз католической — и открыто призвал к крестовому походу на Византию.

К тому времени военно-политические мероприятия Палеолога в какой-то мере стабилизировали положение империи. Он сумел отвоевать острова Наксос, Кос, Карист, захватил высоты Пелопоннеса близ Монемвасии, Мистру. В 1278 г. греки выиграли очередную войну с Ангелами и заключили союз с Болгарией. Но антивизантийский союз, включавший Рим, Неаполь и Венецию, возглавленный папой и сицилийским королем Карлом I Анжу, все-таки возник. И хотя уже в 1281 г. войско анжуйского полководца Руссо де Сюлли было выбито из Фракии великим доместиком Михаилом Тарханиотом, ситуация в начале 1280-х гг. сложилась драматическая. Однако умелый политик Михаил VIII сумел обеспечить Византии весьма мощного союзника в лице арагонского короля Педро III. Случившееся 31 марта 1282 г. не без влияния Арагона народное восстание в Южной Италии, известное как «Сицилийская вечерня», которое закончилось избиением и изгнанием анжуйцев, лишило Карла возможности вмешиваться в дела на Балканах.