Собор продолжил заседать 8 октября 1438 г. в обстановке взаимного недоверия и растущей предубежденности. На этот раз исходным пунктом дискуссий служил вопрос об исхождении Св. Духа. Греки предложили обсудить не собственно filioque, а вопрос о том, правильно ли было вообще делать прибавку к установленному первыми соборами символу веры. Латиняне ссылались на то, что «и от Сына» — не прибавление, а толкование. Два месяца велись диспуты, но и на этот раз единства не было достигнуто. Ни греки, ни латиняне не признавали ссылок оппонентов на мнения авторитетов церкви, каждый говорил об испорченности текстов, имевшихся в распоряжении противной стороны.

Под предлогом начавшейся чумы собор решили перенести во Флоренцию. Греки не желали удаляться в глубь Италии, но папа был непреклонен.

26 февраля 1439 г. начался второй, флорентийский период заседаний. Евгений IV подвергал православных прямому нажиму — им вообще перестали выдавать денежное содержание, и греки потихоньку принялись распродавать личные вещи, книги и церковную утварь, чтобы как-то поддерживать существование. Василевс Иоанн подтвердил запрещение членам своей делегации покидать собор и, в свою очередь, убеждал их быть поуступчивее, недвусмысленно говоря уже не о выяснении истины, а о тех политических выгодах, которые получит империя, если они заключат унию. Нервозная атмосфера с особой силой ощущалась во взаимоотношениях между греками. Их мнения об унии разделились. Марк Евгеник, которого не удовлетворяли аргументы латинян и императора, твердо противился ей, но Виссарион Никейский его уже не поддерживал. Точку зрения иерархов, склонявшихся к унии, высказал Григорий Мамма, будущий патриарх Константинополя: «Я знаю, что, если мы приступим к единению с римской церковью, нас проклянут прежде, чем мы доберемся до Венеции; если не приступим, проклянут все равно. Так лучше соединимся, и пусть проклинают!» [188, с. 136]. Дебаты между греками доходили до взаимных оскорблений.

Шаг за шагом православные сдавали свои позиции в главном вопросе — о filioque. Папа не принял компромиссной формулы «исходит от Отца через Сына». На митрополитов и епископов Востока по-прежнему оказывалось давление, им не давали денег, и при этом сам Евгений IV усердно приглашал на пиры тех, кто казался ему наиболее податливым, обещал им (прежде всего Виссариону) богатство и кардинальские шапки. Делегаты Валахии, Трапезунда и Грузии тайно бежали с собора.

К началу июня почти все греки, кроме Марка и его немногих единомышленников, признали верность формулы «и от Сына». В ответ папа согласился считать действительной евхаристию не только на опресноках, но и на квасном хлебе.