Условия приема в орден, согласно высочайше утвержденным правилам 1791 г.: 1. дворянское достоинство, приобретенное военными подвигами и восходящее за 150 лет; 2. определенный денежный взнос в орденскую казну (2400 или 1200 польских злотых), смотря по тому, поступало ли в орден лицо в малолетнем возрасте или по достижении совершеннолетия (15 л.). Для приобретения командорства требовался особый военный ценз: кавалер ордена обязан сделать 4 компании, по 6 месяцев каждая, причем службу можно было проходить или в русских войсках, или во флоте ордена.

На содержание ордена отпускалось, сверх прежних сумм, по 216 тыс. польских злотых или государственного казначейства.

Представителем государя по делам ордена являлся поручик великого магистра. Разрешено было также учреждать, с особого на каждый случай Высочайшего соизволения, рядовые или фамильные командорства, по примеру других стран.

Звание командора передается по наследству в роде владельца имения или других фамилий, на которые последний укажет. Имение, где учреждается фамильное командорство, должно приносить не менее 3 т.р. ежегодного дохода, 10 % которого вносится в орденскую казну, в виде респонсий.

Между тем, 12 июня 1798 г. Мальта без боя сдалась французам. Рыцари заподозрили великого магистра Гомпеша в измене и лишили его сана.

16 декабря того же года русский император был избран в великие магистры, и Павел охотно возложил на себя знаки нового сана: рыцарскую мантию, корону, меч и крест (в таком одеянии изображен Павел на портрете, находящемся в Зимнем дворце). К императорскому титулу, по высочайшему указу, повелено было прибавить слова «и Великий Магистр Ордена св. Иоанна Иерусалимского».

Перед воображением императора рисовался образ идеального рыцарского союза, в котором, в противовес новым идеям, исходившим из Франции, процветают принципы, положенные в основу Мальтийского ордена: строгое христианское благочестие и безусловное послушание младших старшим. По мысли императора, Мальтийский орден, столь долго и успешно боровшийся против врагов христианства — магометан, должен был обнять все лучшие охранительные элементы Европы и послужить могучим оплотом против революционных движений.

Явились различные проекты реорганизации Мальтийского ордена, применительно к его новой политической роли. Резиденция ордена (конвент) перенесена была в Санкт-Петербург; капитул его помещался в доме, занимаемом Пажеским корпусом (доныне имеется в корпусе католическая церковь Св. Иоанна Крестителя).

В Кронштадте снаряжался флот для завоевания Мальты; но в 1800 г. она была занята англичанами, а вскоре после того скончался Павел.