Александр I отказался от звания великого магистра и сохранил лишь титул протектора ордена, а в 1817 г. Высочайше объявлено, что «после смерти командоров ордена Святого Иоанна Иерусалимского, наследники их не наследуют звания командоров ордена и не носят знаков ордена, потому, что орден в Российской Империи более не существует».

После убийства Павла I в 1801 г. резиденция ордена переносится в Италию. С 1934 г. штаб-квартира Мальтийского ордена находится в Риме, где занимает всего около 2 км кв.; его владения пользуются правом экстерриториальности. Он сохраняет свой суверенитет и является самым маленьким в мире государством.

Мальтийский орден сегодня насчитывает примерно 10 тыс. рыцарей и 1 млн. ассоциированных членов ордена, объединенных в 35 национальных секций. По преимуществу, членами ордена являются крупные политические и общественные деятели, представители большого бизнеса.

Мальтийский орден обладает немалой недвижимой собственностью: только в Италии она оценивается в 450 млн. долларов. Как суверенное государство орден имеет дипломатические отношения на уровне послов примерно с 50 государствами,

Мальтийский орден имеет свою Конституцию, правительство, национальный гимн, гражданство (существуют специальные паспорта), выпускает марки и даже чеканит монету.

Структура ордена: все члены ордена делятся на 3 основных ранга: рыцари «справедливости», монахи и рыцари «повиновения». Кроме того, существуют «почетные» рыцари и дамы. В орден не принимаются разведенные или живущие во внебрачной связи, евреи и коммунисты. Правило, разрешающее членство в ордене только католикам, не распространяется на венценосных особ.

Все нити правления орденом сосредоточены в руках великого магистра, который избирается пожизненно из узкого круга рыцарей — потомственных дворян и утверждается папой, хотя в 1983 г. Ватикан формально признал суверенитет госпитальеров и становил с ними дипломатические отношения.

В настоящее время деятельность ордена заключается в оказании медицинской помощи и организации паломничеств. В его ведении находится около 200 больниц, расположенных в различных странах мира.

После «Армии спасения» Мальтийский орден — наиболее крупная в мире благотворительная организация. Не считая свой орден устаревшим институтом, потомки средневековых рыцарей борются сегодня «за современный крестовый поход милосердия».

Орден имеет свои вертолеты, машины скорой помощи, которые всегда появляются на месте боевых действий в различных регионах мира. В недавнем прошлом Мальтийского Ордена коснулся скандал, связанный с разоблачением в Италии масонской ложи «П-2»: около 30 рыцарей ордена числились в ее списках.