По итогам научно-исследовательских работ за последние 15 лет сотрудниками музея в местной и центральной печати опубликованы сотни статей, 15 монографий и сборников статей: В.А. Ефремов. «Ювелирное искусство в Тобольске» (5 печ. л., совместно с А.Г. Елфимовым, Ю.С. Надточим, 1997, М., «Галарт»); В.Е. Копылов. «Тюмень глазами художника, фотографа и путешественника 17-20-х веков» (32 печ. л., совместно с Н.И. Сезевой, 1998, М.– Верона, Италия) и др. Работники музея участвуют в заседаниях популярного клуба «Тюменская старина», Ученого совета краеведческого музея, в комиссии по топонимике при городской мэрии. С привлечением фондовых материалов музея оказана помощь архитекторам города в работе над проектами восстановления архитектурного облика частично утраченной Крестовоздвиженской церкви, синагоги и взорванной часовни на Центральной площади. Благодаря нашим усилиям установлены мемориальные доски на зданиях, где в разное время останавливались ученый с мировым именем Д.И. Менделеев, адмирал С.О. Макаров, изобретатель радио А.С. Попов.
В конце 1997 года произошла реорганизация музейной работы в университете: решением Советов вуза и НИСа образован научно-исследовательский институт истории науки и техники Зауралья (НИИИНТЗ), в состав которого вошел музей с его сотрудниками и группа информационно-издательского и научного обслуживания.