«В 1954 году очередная реформа выделила органы госбезопасности из МВД. С образованием КГБ понизился статус нового ведомства до комитета при Совете министров СССР. Это был шаг ЦК партии на пути к полному подчинению КГБ партийному аппарату и лишения органов госбезопасности какой бы то ни было самостоятельности. Несмотря на то, что в названии нового комитета фигурировала частица „при“, предполагавшая ведомственную подчиненность органам исполнительной власти, на самом деле линия на усиление контроля со стороны ЦК КПСС существенно усилилась, а Совет министров СССР окончательно потерял былое влияние на государственную жизнь в стране и соответственно руководящие позиции в сфере обеспечения безопасности государства»*.

Военная контрразведка стала Третьим главным управлением КГБ при СМ СССР. Ее периферийные органы — в структурах от военного округа до бригады и гарнизона — именовались «Особые отделы КГБ при СМ СССР». В системе военной контрразведки имелось два управления особых отделов КГБ — в Группе советских войск в Германии и в Дальневосточном военном округе.

Главное управление состояло из пяти оперативных отделов: 1-й отдел — работа в Генштабе и Центральных управлениях сухопутных войск; 2-й отдел — контроль и помощь особым отделам на местах; 3-й отдел — оперативное обеспечение ВВС, ПВО и ГВФ (Гражданского воздушного флота); 4-й — ВМФ; 5-й — так называемых войск ВЧ-связи — то есть будущей «Правительственной связи».

Как официально считалось, в деятельности органов военной контрразведки в полной мере были восстановлены следующие принципы: работа под контролем и руководством КПСС; опора на советский народ; строгое соблюдение социалистической законности; бдительность в борьбе с врагами; воспитательно-профилактическое воздействие на людей, случайно, без злого умысла вставших на неправильный путь.

Чтобы «закрепить» эти процессы, на руководящую работу в особые отделы была направлена большая группа ответственных партийных работников и войсковых политработников, ранее не служивших в органах госбезопасности. Выбирая между профессионалами и людьми «преданными», предпочли как всегда последних. Смена руководства, значительное обновление кадров имели определенное положительное значение, зато в работе ряда подразделений центра и периферии была утрачена преемственность, снизился профессиональный уровень оперативного состава.

«Управление военной контрразведки в 1953–1959 годах возглавлял генерал-лейтенант Д. С. Леонов, занимавший до этого пост члена Военного совета Ленинградского военного округа. По роду своей предыдущей службы он имел общее представление о задачах и деятельности военной контрразведки, но знаний о конкретных методах и формах работы, ее тонкостях у него, разумеется, не было. Это отсутствие специальных знаний и опыта при решении конкретных оперативных вопросов ставило его и сотрудников военной контрразведки в сложное положение. Докладывая, контрразведчики избегали затрагивать те стороны дела, которые могли бы обнаружить некомпетентность начальника. Леонов же, как правило, в силу неглубокого знания чекистской работы, делал упор на военную, техническую и другие более близкие ему стороны рассматриваемой проблемы. К тому же, занимая высокие посты в вооруженных силах, Леонов не имел высшего образования. Это отражалось на работе, несмотря на его житейский опыт и мудрость.