«Вайгач» и «Таймыр» числились военными кораблями, так как имели пушечное и пулеметное вооружение.

Базой по изучению Арктики был определен Владивосток.

27 октября 1909 г. «Вайгач» и «Таймыр» вышли из петербуржского порта и южными морями прибыли во Владивосток 3 июля 1910 г.

После 1910 г. Александр Васильевич не выходил в полярные моря, но оставался одним из первых авторитетов. Именно он 12 и 13 мая 1912 г. подверг критике план экспедиции Г. Я. Седова, который рассматривала специальная комиссия. Как отмечают историки, Колчак выступил против престижной гонки к полюсу. Он полагал самым важным практическое освоение доступных для плавания северных морей.

Писатель Виктор Шкловский писал о 1919 г.:

«Жил я тем, что брал в Питере гвозди и ходил в деревню менять на хлеб.

Гвозди брал у Нади Фридлянд. Она же мне давала паркет для топки. Одного портфеля паркета достаточно для того, чтобы истопить печь.

В одну из поездок встретил в вагоне солдата-артиллериста. Разговорились. Его вместе с трехдюймовой пушкой уже много раз брали в плен то белые, то красные. Сам он говорил: „Я знаю одно: мое дело — попасть…“»

На допросах часто называют улицы, площади Иркутска или Омска. Александр Васильевич скверно знает Омск, еще хуже Иркутск. Названия улиц ничего не говорят.

Он докуривает трубку, выколачивает ее о край лежанки и бормочет:

— Не накроют тебя, адмирал, андреевским флагом.

В 1910–1915 гг. суда Гидрографической экспедиции Северного Ледовитого океана «Таймыр» и «Вайгач» собрали обильную научную жатву, совершив, кроме того, сквозной переход по Северному морскому пути, правда в две навигации.

Парусно-моторная шхуна «Заря» не шла ни в какое сравнение с этими стальными судами ледокольного типа. Суда были новейшей постройки, спущены на воду весной 1909 г. Александр Васильевич принимал участие не только в делах и заседаниях Гидрографической экспедиции, но и в обсуждении проекта, а после — и в строительстве этих судов. Непотопляемостью судов занимался один из высших кораблестроительных авторитетов, академик Крылов. Это принесло Алексею Николаевичу мировое признание… Не раз вместе бражничали. Оба ценили друг в друге преданность флоту и страсть к науке. Несомненно, не будь войны, Колчак в ближайшее время занял бы место академика в Российской академии наук. Заслуги его в исследовании Севера были огромны.

В 1913 г. начальствование над практической экспедицией взамен заболевшего генерал-майора Сергеева принял командир «Таймыра» капитан второго ранга Борис Вилькицкий — сын начальника Главного гидрографического управления Андрея Вилькицкого.