Патриарх Игнатий не строил иллюзий относительно своего положения в Кремле и с первой же оказией решил бежать. 27 декабря 1611 года вместе с обозом гетмана Ходкевича он отправился к королю Сигизмунду под Смоленск. В ноябре 1612 года Сигизмунд взял «патриарха» Игнатия с собой в поход на Москву. После провала похода Игнатия поселили в униатском Троицком монастыре в Вильне. Архимандриту монастыря Вельямину Рутскому удалось уговорить Игнатия принять унию. В январе 1615 года король Сигизмунд пожаловал Игнатия большим имением. В королевских грамотах он именовался «патриархом Московским, на сей час в Вильне будучим», где «успокоенья нашего с Москвою дожидается».

В 1618 году поляки утверждали, что патриарх Игнатий идёт с войском Владислава на Москву. Это был довольно сильный пропагандистский ход, поскольку царь Михаил с матушкой оставили Русь без патриарха в самые критические для неё годы.

Во время переговоров представителей Владислава с русскими под Москвой в конце 1618 года — начале 1619 года поляки о патриархе Игнатии уже не упоминали. Некоторые историки полагают, что к этому времени Игнатий умер, другие относят его смерть к 1640 году. В любом случае, он уже никому не был нужен.

Между тем Гермоген продолжал находиться под стражей в Чудовом монастыре. Я пишу «под стражей», отдавая дань привычному историческому штампу. Благо нет никаких достоверных свидетельств о конкретных ограничениях свободы патриарха. Например, его не выпускали из кельи, и у дверей стояла вооружённая охрана, или его просто заставляли выполнять строгий устав, обязательный для всех монахов, или его не выпускали из монастыря? Я лично склоняюсь к последнему варианту.

Единственной патриаршьей грамотой, признанной всеми историками, является письмо Гермогена в Нижний Новгород, датированное 25 августа 1611 года. В грамоте сказано: «В Нижний Новгород благословение архимандритам, и игуменам, и протопопам, и всему святому собору, и воеводам, и дьякам, и дворянам, и детям боярским, и всему миру: от патриарха Ермогена Московского и всея Руси мир вам, и прощение, и разрешение. Да писати бы вам из Нижнего в Казань к митрополиту Ефрему, чтоб митрополит писал в полки к боярам учительную грамоту да и казацкому войску, чтоб они стояли крепко в вере. И боярам бы говорили и атаманье бесстрашно, чтоб они отнюдь на царство проклятого маринкина паньина сына... не благословляю. И на Вологду ко властем пишите ж так же, как бы писали в полки. Да и к Рязанскому (архиепископу. — А. Ш.) пишите тож, чтоб в полки так же писали к боярам учительную грамоту, чтоб уняли грабёж, корчму, блядню, и имели б чистоту душевную и братство, и промышляли б, как реклись, души свои положити за пречистыя богородицы дом, и за чудотворцев, и за веру, так бы и совершили. Да и во все городы пишите, чтоб из городов писали в полки к боярам и атаманье, что отнюдь маринкин сын на царство не надобен: проклят от святого собору и от нас. Да те бы вам грамоты с городов собрати к себе в Нижний Новогород да прислати в полки к боярам и атаманье. А прислати с грамотами прежних же, коих естя присылали ко мне с советными челобитными бесстрашных людей: свияженина Родиона Мосеева да Ратмана Пахомова. А им бы в полках говорити бесстрашно, что проклятый отнюдь не надобе. А хоти буде и постражате, и вас в том бог простит и разрешит в сём веке и в будущем. А в городы для грамот посылати их же, а велети им говорити моим словом. А вам всем от нас благословение и разрешеие в сём веке и в будущем, что стоите за веру неподвижно, а аз должен за вас бога молити».