В июне 2015 года тогдашний глава Луганской военно-гражданской администрации Геннадий Москаль заявил, что подразделение фактически вышло из подчинения украинских властей. Он пожаловался, что бойцы «Торнадо» блокировали проезд транспорта в зоне АТО — они остановили поезд, который вез уголь на Алчевский коксохимический завод и имел все необходимые документы. «Торнадовцы», в свою очередь, настаивали: поезд — контрабандный и ехал в АТО с подконтрольной боевикам территории. Москаль отметил, что «торнадовцы» никогда не принимали участия в боевых операциях и «превратились в организованную преступную группировку», в связи с чем потребовал от властей разоружить спецроту и вывести за пределы области. Опальное подразделение забаррикадировалось на базе под Лисичанском, угрожая применить оружие против военных, однако до стрельбы дело не дошло. 17 июня 2015 года Онищенко и еще 7 бойцов «Торнадо» задерживают по подозрению в похищении людей, пытках и изнасилованиях (в том числе несовершеннолетних). По версии следствия, «торнадовцы» устроили в подвале своей базы настоящую пыточную камеру, где задержанных избивали палками, били электрошокером, совершили групповое изнасилование мужчины, а затем, предположительно, убили его. На следующий день после задержаний, 18 июня, глава МВД расформировал «Торнадо». В декабре 2015-го главная военная прокуратура завершила досудебное расследование и передала материалы в суд. Процесс начался в январе и был закрытым из-за специфики вменяемых «торнадовцам» преступлений — всего 15 тяжких и особо тяжких статей. Дело насчитывало 80 томов, более сотни человек проходили как свидетели, 13 — как потерпевшие. На суде в Киеве рядом с комбатом Онищенко в клетке стоял его заместитель Моджахед, он же Даниил Ляшук, — беларус родом из Бреста.

Ляшука, в отличие от Онищенко, смогли задержать лишь 9 сентября 2015 года, несколько месяцев он успешно скрывался от уголовного розыска. Силовики взяли его в гостиничном комплексе под Киевом. Главный военный прокурор Анатолий Матиос назвал беларуса «самым опасным и жестоким из всех подозреваемых» по делу спецроты «Торнадо». «Именно Моджахед-Ляшук с чрезвычайным цинизмом и дерзостью, жестокостью и безжалостностью совершал наиболее жестокие пытки местного населения Луганской области, организовывал и принимал непосредственное участие в изнасиловании задержанных, которых он вместе с другими подозреваемыми похищал из корыстных побуждений», — заявил Матиос. По данным следствия, Ляшук снимал на видео групповое изнасилование жителя города Приволье. База «Торнадо» располагалась на территории местной заброшенной школы.