По указанию Ахундова в Степанакерт срочно командировали следственную группу прокуратуры республики и КГБ. В результате проведенных оперативно-следственных действий по обвинению в участии в массовых беспорядках и жестоком убийстве 3 чел. было задержано 20 жителей Степанакерта, предотвращено распространение событий на соседние районы. На пленуме областного комитета партии, созванном сразу после массовых волнений с участием председателя КГБ при Совете министров Азербайджанской ССР Г. А. Алиева, первого секретаря ЦК КП Азербайджана В. Ю. Ахундова, председателя Совета министров республики Э. Н. Алиханова, заведующего сектором ЦК КПСС Ю. М. Старченко, инструктора ЦК КПСС В. Н. Клычкова, министра охраны общественного порядка М. А. Ализаде, подробно обсуждались массовые беспорядки 3 июля, сопровождавшиеся расправой над осужденными по приговору суда[999]. Вопрос обсуждался и на заседании бюро ЦК КП Азербайджана 11 июля. На заседании бюро Ахундов заявил, что несущие ответственность за беспорядки группы погромщиков, зачинщики, ответственные сотрудники областных партийных, советских и правоохранительных органов области, занявшие созерцательную позицию по отношению к погромщикам, будут серьезно наказаны.

Во время расследования выяснилось, что еще за неделю до беспорядков в Степанакерте там распространялись разжигающие страсти листовки. Председатель КГБ Азербайджанской ССР Алиев писал первому секретарю ЦК КП Азербайджана Ахундову: «В ночь с 23 на 24 июня на улицах города были разбросаны более 300 отпечатанных на армянском языке листовок. Эти листовки были отпечатаны на фотобумаге размером 849 см. В листовках выдвигались требования о присоединении Нагорного Карабаха к Армении, лживые вымыслы, разжигающие националистические страсти. В Степанакерт направляется оперативная группа для выяснения авторов и распространителей листовок»[1000].

В то же время сразу после событий 3 июля для расследования волнений, приведших к гибели людей, и в особенности действий конвоя, Министерство охраны общественного порядка СССР отправило в Степанакерт группу в составе генерал-майора А. Финенко, полковника А. Сандака, подполковника В. Огурцова. Расследовав кровавые события 3 июля, случившиеся в городе, 10 июля они представили в МООП СССР секретную справку в одном экземпляре на 8 листах. Там указывалось, что, несмотря на неспособность защитить осужденных от нападения толпы, действия конвоя, в особенности применение им оружия, соответствовали закону. Авторы приложили к справке список раненных во время событий граждан на 2 листах, список членов конвоя на 1 листе и схему места происшествия на 5 листах [1001].