В начале процесса восстановления власти Византии в Малой Азии в опорных пунктах и ключевых городах и крепостях вдоль побережья и прибрежной равнины должны были размещаться войска, чтобы служить плацдармом для расширения власти Империи. Отсюда византийские войска должны были выдвигаться в пограничные или занятые врагом земли и захватывать стратегически важные центры, которые в свою очередь должны были стать центром для дальнейшего продвижения византийцев вперед. Это был медленный и постепенно набиравший обороты процесс, но он был успешным. Большая часть утерянных областей была возвращена в период от смерти Алексея I в 1118 г. до 1160-х гг. Действительно, в период правления Мануила появилась возможность распространить власть Византии на само плато и установить там передовые заставы, хотя Империя удерживала их лишь в течение коротких периодов. Вторая стадия заключалась в создании новых фем, военных и гражданских административных областей, которые заменяли старые и более не существующие фемы досельджукского времени. Иоанн II восстановил Фракисийскую фему, хотя она была меньшего размера, чем прежняя фема. Также он создал новые фемы Миласа и Меланудион в северных районах старой фемы Кивирреотов и южных областях старого Фракисия. При Мануиле I на севере была учреждена фема Неокастра с крепостями Атрамиттий, Пергам и Хлиара. В то же время было построено большое количество малых укрепленных пунктов, которые прикрывали основные пути к области от анатолийского плато, где были размещены войска с ополченцами, набранные из местного сельского населения, которое взамен получало землю и налоговые привилегии (Chon., 55, 5-20).

К концу правления Мануила византийские фемы — слово, которое теперь означало просто область и не имело никакого военного значения, протянулись от Халдии и Трапезунда на Понтийском побережье на запад через районы Пафлагонии/Букеллариев, Оптиматов, Никомедии, Опсикия, Неокастра, Фракиссия, Миласы/Меланудия, Кивирреотов и в Киликии. Командующие войсками — тагмами, — которые базировались в каждом из этих регионов и в находящихся там укрепленных пунктах, это дуки, и обычно они являлись также губернаторами этих областей, поскольку находящиеся под их командованием войска по большей части были связаны с той областью — фемой, — в которой они располагались. Алексей I создал 15 таких командований вдоль балканской границы и в Малой Азии, которые простирались от Абидоса до Селевкии. Иоанн II и Мануил I создали еще дукаты, включая Фракисий, Кивирреоты, Киликию, Малагину, Миласу и Атталию[1397].