Правда, миром, которого он добился внутри страны и вовне, ему еще не было суждено пользоваться. В начале 1850 г. начались разногласия между ним и его братом Абд ар-Рахманом, которые отчасти объяснялись коренными различиями их характеров (Абд ар-Рахман был гораздо энергичнее шейха Омара, но был лишен его доброты), а отчасти основывались на ревности и отвращении принца к всемогущему Хадж Беширу. Их примирение лишь ненадолго успокоило недовольство Абд ар-Рахмана, и в 1853 г. он открыто восстал и отошел в Гуджебу. Шейх Омар и Хадж Бешир попытались подчинить его силой оружия, однако из-за зависти остальных сановников к могущественному любимцу были брошены на произвол судьбы и побеждены в открытом бою. Победоносный Абд ар-Рахман вступил в Куку, обвинил Хадж Бешира (на чьей дочери он был женат) в измене и приказал его казнить. Своему свергнутому с престола брату, который не казался ему опасным из-за его слабости и кротости, он разрешил жить в столице в качестве частного лица. На время краткого правления Абд ар-Рахмана приходится приезд в Борну Фогеля. Однако большая набожность, справедливость и доброта шейха Омара завоевали сердца многих людей. Поэтому, когда Абд ар-Рахман счел, что ему будет трудно добиться поддержки народа при таких качествах своего брата и решил поэтому изгнать его из столицы, недовольные объединились вокруг законного правителя и побудили его к открытому сопротивлению против насильственных действий узурпатора. То обстоятельство, что дело это было осуществлено без большого кровопролития в течение всего лишь одного дня (в день жертвоприношения— ид ал-кебир, в 1854 г.) и в самой столице или, точнее, на площади, расположенной между двумя городами, доказывает, сколь мало удалось Абд ар-Рахману укрепить свой авторитет. Его схватили, и шейху Омару пришлось решиться, разумеется, вопреки собственному чувству, но для блага и спокойствия страны, на его казнь, совершенную в декабре того же года.

С тех пор набожному и любезному государю суждено было править в мире и созерцательности, свойственных его природе, если не считать обычных нападений неспокойных пограничных соседей, таких, как туареги, бедда и другие. Благодаря этому более чем двадцатипятилетнему миру вместе с возрастом возросли и потребность шейха в неомраченном спокойствии, и его слабость в отношении злокозненных придворных, строптивых наместников и мятежных племен-данников, так что теперь стране снова стало грозить то застойное состояние, в которое она погрузилась при последних правителях прежней династии.