Внешне полностью повинуясь регентству и его главе Порро, она тайно связывается с орлеанским губернатором Асти — французом Жаном де Фонтэн и договаривается с ним о том, что он поможет ей в осуществлении ее планов и предоставит безопасное убежище милому ее сердцу Барбаваре, блуждающему по мирной Италии в поисках такого убежища.

И конце 1403 г. миланские кондотьеры, нанятые еще Барбаварой и склонные поддерживать скорее его претензии на власть, чем претензии группы феодалов-авантюристов, в результате ряда побед вернули в состав герцогства Брешу и Алессандрию. Победы эти, осуществленные верными герцогине и ее фавориту кондотьерами (Якопо даль Верме и Фачино Кане), позволили ей перейти к решительным действиям. В день, когда город торжествовал по случаю побед, она внезапно покинула герцогский замок и укрепилась в замке Порта Джовиа с достаточно сильным и верным ей гарнизоном.

Напуганные гибеллины пытаются опять поднять народное восстание, призвать себе на помощь враждебные Милану силы, но новые победы верных герцогине кондотьеров сводят на нет все их попытки.

Наконец, 6 января 1404 г. герцогиня по совету того же Якопо даль Верме приглашает к себе Антонио Порро, Антонио Висконти и всех прочих главарей гибеллинов, они являются в полном составе, за исключением Франческо Висконти, который предпочел бежать из Милана. По прибытии все они захвачены и все, кроме члена правящего дома и духовного лица, тут же казнены. Головы и окровавленные тела бывших правителей были на следующий день выставлены на одной из центральных магистралей Милана.

Через 8 дней, 14 января, Совет девятисот обратился к герцогине с всеподданнейшей просьбой вернуть к власти Франческо Барбавару, на что она милостиво согласилась, и 31 января любимец Джан Галеаццо и любовник его вдовы торжественно вернулся в покорившийся ему город. В тот же день особым посланием все города и области герцогства извещаются о произошедшем перевороте и о казни «преступных изменников». Попытка установить в Милане XV в. феодальную олигархию, явно безнадежная сама по себе, потерпела полный крах. Власть Висконти была восстановлена.

Однако порядок и мир царствовали в герцогстве недолго. Оставшийся на своем месте претендент на управление Павией, один из видных гибеллинов Кастеллино Беккариа, недовольный тем, что реально осуществляет это управление при 12-летнем Филиппо Мария Висконти брат Франческо Барбавары — Манфред, уговаривает юного герцога освободиться от этой опеки, и в конце февраля 1404 г. Манфред Барбавара схвачен и заключен в крепость. Сообщая об этом своему старшему (16-летнему) брату Джованни Мария, Филиппо Мария советует ему сделать то же со старшим братом арестованного. Узнав об этом, Фоанческо Барбавара, не рассчитывая на поддержку герцогини, 15 марта вторично бежит из Милана, а на следующий день в городе происходит официальное примирение враждующих между собой гвельфов и гибеллинов.