Сам же Липранди, понятно, всеми силами старался доказать, что он открыл действительно серьезную и опасную тайную организацию. Для этого 17 августа 1849 г. он подал специальное мнение в Комиссию и приложил к нему выдержки из множества документов, изъятых у преступников.

Временно замещавший Липранди статский советник Муравьев (сын министра государственных имуществ) пустил слух об упущениях Липранди на службе. Обвиненный негодовал, Перовский ему сочувствовал, но с соседним министром ссориться не стал. А затем на месте Перовского очутился другой министр — Бибиков.

В архиве сохранилась отчаянная записка Липранди на имя нового министра с перечислением сотен дел, великолепно им выполненных. Сохранились воспоминания Липранди о том, как министр Муравьев говорил с ним «собачье-начальническим тоном», а министр Бибиков подвел его в 1852 г. под «сокращение штатов». «Жаловаться на него, — записывает пострадавший, — значило бы самому же ему». В конце концов Липранди оказался в отставке и почти без средств. Тут-то он и продал свою громадную библиотеку Генеральному штабу, а Генеральный штаб несколько лет не платил ему денег: все тот же слух, будто Иван Липранди на руку нечист, получал взятки от раскольников, при конфискациях «себя не обидел» и что надо сначала проверить его бумаги. Проверили — все чисто, но… После этого Липранди продолжает бедствовать… Перовский по старой памяти пристраивает его при министерстве уделов, но вскоре умирает, а следующий шеф не хочет держать «слишком способного» чиновника. Липранди буквально засыпает в эти годы прошениями и соображениями крупнейших сановников. Сановники читают, пишут автору любезные ответы, но служить не берут («что-то там, говорят, у него нечисто, раскрыл злоумышленников, сгустил краски, какие-то деньги пропали, Михаил Николаевич Муравьев его не любит…»).

Он пытается привлечь к себе внимание проектом перестройки тайной полиции. Смысл прост: III отделение устарело, нужна действенная организация, опирающаяся не столько на своих сыщиков, сколько на активную поддержку населения, которое надо воспитывать в соответствующем духе. Записку читает очень влиятельный генерал-адъютант Ростовцев (некогда предавший своих друзей-декабристов) и несколько раз консультируется с Липранди, но не более того… И когда Иван Петрович в 1854 г. просится в Крым, где в обороне Севастополя видную роль играет его младший брат Павел Петрович, ему снова отказывают (хотя сам граф Киселев аттестует Липранди как «одного из лучших офицеров Генерального штаба»). Снова — «тайное недоброжелательство». Месть судьбы…