29 августа 1919 года Советское правительство включило Общество в систему Академии наук России. Была признана его юридическая правопреемственность на всю его собственность, научную и просветительскую деятельность на территории нашей страны и за границей. 9 декабря 1922 года Главнаука Наркомпроса РСФСР утвердила первый после Октябрьской революции Устав Общества. Оно стало именоваться Российским Палестинским обществом, а его председателем стал академик Ф.И.Успенский, занимавший пост директора Русского археологического института в Стамбуле. В соответствии с § 1 Устава целью Общества являлось: а) историческое, археологическое и современное культурно-бытовое изучение Палестины, Сирии, Египта и сопредельных с ними стран библейского Востока; б) организация международных предприятий в Палестине по изучению и охранению памятников искусства и старины или участие в них; в) содействие как научным экспедициям и образовательным экскурсиям отдельных граждан России, так и живому общению масс русского народа с достопримечательными местностями тех же стран.
Сегодня можно поставить под сомнение целесообразность конфискации собственности Палестинского общества в 1917 году, которая была приобретена в России и за ее пределами на собранные в церквах русскими богомольцами средства или получена в качестве дара.
Неопределенной оказалась и судьба зарубежных владений общества. Эмигранты из Советской России создали так называемую Карловацкую церковь (архиерейский синод за границей) и параллельно Палестинское общество, которые заявили о своих претензиях на имущество императорского общества за рубежом. Часть земельных впадений, принадлежность которых не оспаривалась правительством государства Израиль после его создания в 1948 году, была продана Советским государством в 1964 году за 5 млн. долларов. Эта сделка, получившая название ”апельсиновой”, до сих пор вызывает чувство стыда и сожаления.
После 1917 года Палестинское общество лишилось финансовой поддержки русской православной церкви, прекратило благотворительную и просветительскую деятельность за рубежом и организацию паломничества. Его включение в систему Академии наук СССР привело к тому, что усилия членов Общества в основном сосредоточились на исследовании истории Палестины и древних цивилизаций на Ближнем Востоке. Возникновение государства Израиль внесло новые моменты в научную деятельность Общества, „и в нем появилась большая группа ученых, которые специализируются на современной проблематике, различных аспектах арабо-израильского конфликта и ближневосточного урегулирования.