Оппозиция прелатов, интересы которых поставлены были под угрозу коренным переустройством старой епископской организации, была тотчас же поддержана политической оппозицией. В ответ на проект включения аббатств Тонгерлоо, Сен-Бернара и Аффлигема в диоцезы Буа-ле-Дюк, Антверпена и Мехельна брабантские штаты протестуя ссылались на «Joyeuse-Entrée». Они послали делегатов для изложения своих жалоб в Мадриде; они апеллировали к папе. Тем временем распространился слух, что новшества Филиппа ставят себе целью не что иное, как введение в страну испанской инквизиции, и большего не надо было, чтобы окончательно скомпрометировать их в глазах населения. Возбуждение приняло столь бурный характер, что король решил пойти на некоторые уступки. В 1564 г. он заявил о своей готовности отказаться от создания антверпенского епископства и от включения брабантских аббатств в новые диоцезы, если они возьмутся выплачивать взамен этого постоянную ренту. Отказ папы признать это соглашение поставил опять все под вопрос[850]. Большинство епископов, назначенных Филиппом, не могло занять своих кафедр отчасти из-за отсутствия доходов, отчасти же из-за недоброжелательства населения. Надо было подождать прибытия Альбы, чтобы осуществить наконец мероприятия, окончательно скомпрометированные религиозными беспорядками 1566 г. 31 марта 1568 г. герцог получил приказание присоединить Аффлигем к Мехельну и прогнать тамошнего аббата, объединить Тонгерлоо с Буа-ле-Дюком, Сен-Бернар с Антверпеном, а Тер-Дуст и Сен-Донацианское превотство с Брюгге. Ему поручено было точно так же водворить епископов во все те города, в которых они не были еще приняты, и, если понадобится, принудить население к повиновению[851]. С этого момента победа была обеспечена. Оставалось только преодолеть некоторые административные затруднения и медлительность римской курии. В декабре 1570 г. все вновь назначенные епископы, за исключением гарлемского, ожидавшего еще своих ратификационных грамот, заняли свои кафедры[852].

Само собой разумеется, что высшие учебные заведения, в которых готовились церковные сановники, не могли остаться в стороне от большого дела защиты католицизма, предпринятого королем. После отъезда Эразма в Базель в 1521 г. имевшаяся в Лувене небольшая группа новаторов, питавшая еще некоторые симпатии к протестантизму, вскоре распалась. Уже в 1545 г. университет дал совершенно недвусмысленные доказательства своей верности католической церкви, потребовав от каждого студента присяги в ненависти к ереси. В результате этого он вскоре ощутил на себе признаки королевской заботливости. Число его профессоров было увеличено, и их материальное положение улучшено[853]. Но уже давно пришли к убеждению, что одного университета недостаточно было для такой большой и населенной страны, как Нидерланды. Уже в царствование Карла V поднимался вопрос о создании факультетов в Турнэ, а затем в Дуэ[854]; в 1561 г. вопрос был опять поднят в пользу города Девентера[855]. Проект создания новых факультетов диктовался в частности королю теми соображениями, что это был способ отвлечь множество молодых людей от поездок за границу, откуда многие из них возвращались страстными приверженцами подозрительных учений. Стремление изучить французский язык побуждало многих фламандских студентов направляться в Париж и другие французские университеты. Вероятно по этой причине Филипп решил учредить именно в валлонской части, в Дуэ, новое высшее учебное заведение. Согласие папы было обеспечено. 31 июля 1559 г. Павел IV одобрил этот проект, и его преемник Пий IV буллой от 6 января 1560 г. признал существование нового университета[856]. Король дал ему 19 января 1562 г. устав, отвел ему место и наметил ему определенные доходы[857]. Уже в августе 1563 г. Маргарита Пармская могла сообщить в Мадрид, что этому делу положено «очень хорошее начало»[858].