Кальвинисты, придя к власти в большинстве городов Фландрии и Брабанта, положили конец католической реформе прежде, чем она успела сделать хоть что-нибудь кроме возбуждения всеобщего недовольства[874]. Протестанты арестовывали и изгоняли епископов, разгоняли католических священников и общины духовных орденов, продавали с молотка имущества монастырей, разрушали храмы, уничтожали иконы, украшавшие церкви, и превращали церкви в кальвинистские храмы, конюшни или склады. Непрерывные переходы войск через фландрскую равнину вряд ли были причиной больших разрушений. В 1600 г. в диоцезе Брюгге из 130 сельских церквей едва ли больше 30 было в хорошем состоянии, от других же, разрушенных и разграбленных, остались одни лишь обвалившиеся стены[875]. Когда в 1604 г. епископ Иоанн Мирей принял антверпенский диоцез, о в руках одного священника было до 7 приходов, а в 1610 г. синод данного диоцеза констатировал, что «ob sacerdotum raritatem» (вследствие недостатка в священниках) он вынужден допускать к священническому званию молодых людей «minus instructi in theologia» (менее сведущих в богословии)[876].

Бентивольо жаловался на общую нужду в деньгах католических священников во фламандских округах и на бедность диоцезов. В 1613 г. во многих местах для богослужения не было других церковных чаш, кроме оловянных[877].

Однако материальный ущерб был больше морального. Большинство населения, как мы видели, сохранило верность католической религии, и благодаря совместным усилиям папы и брюссельского правительства католическая церковь вскоре оправилась и стала еще более могущественной, чем когда-либо. Во время правления Фарнезе нунций Бономи, принимавший участие в 1586 г. в провинциальном синоде Камбрэ, привез ему из Рима советы и настояния восстановить церковную дисциплину. Епископы вернули себе свои разрушенные дворцы. Повсюду приступлено было к ремонту церковных зданий, а в 1587 г. Филипп приказал впредь до изыскания необходимых денежных средств использовать частично для этого дела десятины[878].

В правление эрцгерцогской четы произошло окончательное завершение реформ, которые сначала были отложены, а затем прерваны событиями XVI в., и Бельгия, отвоеванная у протестантизма испанскими войсками, стала одной из самых правоверных католических стран Европы. В 1595 г. в Брюсселе учреждена была специальная нунциатура[879], а в 1600 г. при Ватикане было учреждено бельгийское посольство[880]. Программа Тридентского собора теперь была осуществлена повсюду и проведена во всех пунктах. Открывшийся 26 июня 1607 г. третий мехельнский синод продолжал работу синодов 1570 и 1574 гг.[881], а правительственный указ, изданный 31 августа 1608 г., предписывал соблюдение почти всех его решений,  касавшихся гражданского общества[882].