Он пал в ноги и в слезах попросил прощения со словами: «Я недостойный и грешный раб твоей святости. Но очень молю тебя и прошу, оставь меня на этом простом служении, которое ты мне дал изначально, чтобы я пас коз, а царь пусть не узнает». Настоятель монастыря пошел в столицу и, пав в ноги императору, просил: «Молю и прошу державу власти твоей, владыко, даровать мне человека ради его душевного спасения. Если он огорчил твое царствование, прости ему». Царь спросил имя человека, за которого просил игумен. Настоятель отвечает: «Я тебе не скажу, если ты мне не дашь письменного согласия на выполнение просьбы». Царь повелел изготовить документ и подписал его. Тогда игумен рассказал в подробностях все об Иоанне Кукузельском. Услышав это, царь заплакал, приняв в сердце несравненную печаль и радость. Он радовался, что Кукузель был столь благоговеен, что облекся в ангельский образ (схиму), возненавидев всякое телесное сладострастие. А горевал о том, что подписал такую дарственную, и она не имеет обратной силы. Игумен смягчил словами его потерю и утешил его сердце. Затем, поблагодарив царя и помолясь, настоятель пошел в монастырь и там рассказал братьям о произошедшем.
С тех пор дивного Иоанна не безпокоил уже земной царь. Он служил Царю, Который на Небе, воспевая и славословя Его без лени каждый день. Затем он получил от настоятеля разрешения построить келлию и церковь Архангелов вне монастыря, чтобы жить там в безмолвии шесть дней недели. Но в воскресные дни и другие праздники Кукузель всегда был на правом клиросе великой церкви и пел Богу с желанием и умилением. В Субботу Акафиста (когда читается Акафист Пресвятой Богородице) он радостно пел самогласны и Канон Богородице по обычаю, и от трудов немножко вздремнул на стасиме утрени. Тогда ему является Госпожа Богородица и говорит: «Радуйся, Иоанн, чадо мое. Пой Мне, и не оставлю тебя». Сказав так, Она дала ему золотую монету. Проснувшись, он нашел (о чудо!) в своей правой ладони эту монету! Исполненный безпредельной радости и слез, он благодарил Богоматерь. А ту монету поместили в церкви, и она совершила великие чудотворения. С тех пор Иоанн всегда был на правом клиросе, и умилительно и безленностно славословил Господа.
Однажды от больших трудов нога у него загнила и потек гной. Но Всемогущая Владычица его излечила также, как Иоанна Дамаскина. Она явилась ему со словами: «Ты теперь здоров», и он тотчас получил всемилостивое врачевание. Воздав благодарность Богоматери, Иоанн оставался в полном здравии до конца. Жил в постах, бдениях, особенно отличаясь великим смирением. Он провидел свою кончину. Встретившись со всеми братьями и помолившись за них, Иоанн сообщил, чтобы его погребли в доме Архангелов, который он построил. Так он почил во Христе Иисусе Господе нашем, Ему же слава во веки. Аминь.