В 2004 году испанский эпиграфист Альфонсо Лакадена (1964–2018) и датский лингвист Сёрен Вихманн уточнили это наблюдение. В соответствии с их предположением, майя различали на письме не только краткие и долгие гласные, но также и гласные с гортанной смычкой. Если запись ku-ch(u) передает слово kuch (куч) «бремя» с кратким гласным, а ba-k(i) – baak (баак) «кость; пленник» с долгим, то, например, запись bu-l(a) передает слово bu’l (бу’ль) «фасоль», а одно из первых чтений Кнорозова mu-ka – слово mu’k «предзнаменование, весть». Также стало ясно, что сингармонический и дисгармонические принципы играли важную роль не только в слоговой записи, но и в случае конечных фонетических подтверждений для словесных знаков. Так, первый знак на рисунке 53 в 10-й главе изображает голову змеи и передавал слово kaan или chaan («змея»), но если к нему приписывалось конечное подтверждение nu, то он записывал слово cha’n «хозяин, владелец». Так писцы майя могли избежать необходимости использования детерминативов для слов с разным значением, которые отличались лишь корневым гласным.

Еще один вопрос, долгое время остававшийся дискуссионным, это вопрос о языке, на котором были написаны иероглифические тексты. Ю. В. Кнорозов обозначил его как «древний язык майя» и считал, что он ближе всего к староюкатекскому. Американские ученые, прежде всего Д. Келли и Ф. Лаунсбери, с самого начала рассматривали вероятность того, что язык письменности связан с языками чоланской языковой группы. Эта гипотеза нашла поддержку у участников конференции «Фонетизм в иероглифической письменности майя» (1979), пришедшим к выводу, что многие важные черты фонетики и грамматики текстов I тысячелетия н. э. могут быть объяснены исходя из данных чоланских языков. Во второй половине 1990-х годов Стивен Хаустон, Дэвид Стюарт и Джон Робертсон окончательно сформулировали точку зрения, что язык письменности входил в восточно-чоланскую языковую подгруппу и был близким родственником колониального чольти и современного чорти, а с западно-чоланскими языками (чоль и чонталь) был связан слабее. Они предложили называть его «классический чольтийский язык» и рассматривали его как общий престижный язык письменности.

Однако параллельно Альфонсо Лакадена, работая с материалами Мадридского кодекса, обнаружил новый подтверждения правоты Кнорозова: в этой рукописи встречались слова, которые фонетически и грамматически могли быть объяснены только на материалах юкатекских языков. В то же время были и фрагменты, записанные по-чолански. Эту ситуацию испанский исследователь предложил называть билингвизмом (двуязычием). По его мнению, писцы майя вплоть до конца XVI века продолжали изучать давно уже мертвый язык иероглифической письменности, но зачастую, сталкиваясь с собственными реалиями, записывали слова и выражения по-юкатекски.