Наконец побежденная настояниями и доводами Бонапарта, Директория согласилась на предлагаемую экспедицию. Ее прельстили величие предприятия, его торговые выгоды, обещание Бонапарта возвратиться зимой и попытать счастья на побережье Англии. Условились о секретности и, для лучшего сохранения тайны, решили не прибегать к помощи секретарей. Мерлен, президент Директории, собственноручно написал приказ об экспедиции. Условились, что Бонапарт может взять 36 тысяч человек из прежней Итальянской армии, известное число офицеров и генералов по своему выбору, ученых, инженеров, географов, рабочих всякого рода и эскадру Брюэ, усиленную частью кораблей, остававшихся в Тулоне. Казначейству приказали выдавать Бонапарту каждую декаду полтора миллиона.

Бонапарт немедленно образовал комиссию, на которую возложил осмотр портов Средиземного моря и подготовку в них всех необходимых транспортных средств. Эта комиссия именовалась Комиссией вооружения берегов Средиземного моря. Ей, как и всем, не была известна цель вооружений; секрет знали только Бонапарт и пять директоров. А поскольку большие приготовления велись разом во всех портах, то и предполагали, что вооружение

Средиземного моря – только последствие таких же вооружений на океане. Армия, собранная на Средиземном море, называлась левым крылом Английской армии.

Бонапарт приступил к делу с необыкновенной энергичностью, какую он вносил в исполнение всех своих планов. Бегая попеременно то к военному министру, то к морскому, оттуда к министру финансов, а затем в казначейство, он лично наблюдал за исполнением своих приказаний, применял всё свое влияние, чтобы торопить экспедицию, переписывался со всеми портами, со Швейцарией и Италией и подготовил всё необыкновенно быстро. Для сосредоточения транспортов и войск он назначил четыре пункта: главный транспорт должен был выйти из Тулона, второй из Генуи, третий из Аяччо, четвертый из Чивитавеккьи. Бонапарт направил на Тулон и Геную отряды Итальянской армии, возвращавшиеся во Францию, а на Чивитавеккью – дивизию, отправленную на Рим. Он заключил во Франции и Италии контракты с капитанами торговых кораблей и достал в портах, которые должны были служить пунктами отплытия, четыреста судов. Он собрал многочисленную артиллерию, отобрал 2500 самых лучших кавалеристов и посадил их на суда без лошадей; последними он рассчитывал их снабдить за счет арабов. С собой он велел иметь только седла и сбрую, на борт же взять только 300 лошадей, чтобы при высадке иметь несколько всадников и некоторое число запряженных орудий.