В то же время неприятель совершает вылазку, берет брешь с тыла и отрезает отступление храбрецам, проникнувшим в крепость. Кому-то удается выйти из крепости; другие в отчаянии решаются запереться в мечетях, укрепляются там и готовятся дорого продать свою жизнь; но, тронутый такой храбростью, сэр Сидней Смит соглашается на капитуляцию. Между тем войска осадного корпуса идут на неприятеля, после страшной резни отбрасывают его в крепость и забирают у него восемьсот пленных. Бонапарт, упорный до остервенения, дает своим войскам два дня отдыха и 10 мая (21 флореаля) приказывает начать новый приступ. Французы устремляются вперед с той же храбростью, влезают на брешь, но дальше двинуться не могут: целая армия охраняет крепость и защищает все улицы. От мысли завладеть городом пришлось отказаться.

Было бы крайней неосторожностью продолжать нести дальнейшие потери. В Акко открылась чума, а армия заразилась ею еще в Яффе; кроме того, наступало время, когда в устьях Нила могла высадиться турецкая армия. Продолжая упорствовать, Бонапарт мог ослабить себя до такой степени, что не в состоянии был бы отразить новые нападения, между тем как главная цель его была достигнута: он уничтожил большие скопления неприятеля, образовавшиеся в Сирии, и с этой стороны довел неприятеля до бессилия. Что же касается более блестящей части его планов, смутных и чудесных надежд о завоеваниях на Востоке, приходилось от них отказаться.

Бонапарт решился снять осаду. Сожаление его об этом было так велико, что, несмотря на свою неслыханную судьбу, он часто повторял, говоря о сэре Сиднее Смите: «Этот человек заставил меня упустить мою фортуну». Друзы, продовольствовавшие французскую армию во время осады, и все племена, враждебные Порте, с отчаянием узнали о нашем отступлении.

Бонапарт начал осаду 20 марта (30 вантоза), а снял ее 20 мая (1 прериаля). Прежде чем покинуть Акко, он хотел оставить страшную память о своей стоянке: город начали обстреливать из всех орудий и почти весь его обратили в пепел.

Затем Бонапарт свернул в пустыню. Французы потеряли от огня, лишений и болезней почти треть своей экспедиционной армии, то есть около четырех тысяч человек; кроме того, они везли с собой тысячу двести раненных. По прибытии в Яффу Бонапарт взорвал ее укрепления. В городе находился лазарет с французскими солдатами, заразившимися чумой. Увезти их с собой было невозможно; оставив же, их предавали неизбежной смерти от болезни, голода и жестокости врагов. Бонапарт сказал медику Деженетту, что гораздо гуманнее дать им опиума, нежели оставлять в живых; на что этот медик будто бы дал столь восхваляемый ответ: «Мое ремесло их лечить, а не убивать». Опиума несчастным не дали, а этот факт способствовал распространению недостойной клеветы, в настоящее время совершенно опровергнутой.