После экспедиции, длившейся почти три месяца, Бонапарт вступил в Египет. Прибытие его было как нельзя более кстати: дух возмущения распространился по всей Дельте. Обманщик, называвший себя Эль-Мохди, представлявшийся Неуязвимым и уверявший, что от французов останется лишь пыль, поднимаемая копытами их лошадей, собрал несколько тысяч мятежников. Ему помогали агенты мамелюков; он быстро завладел крепостью Даманхур и перерезал ее гарнизон. Но Бонапарт отправил отряд, рассеявший мятежников, а Неуязвимый был убит.

Беспорядок сообщился было другим провинциям Дельты; но прибытие французов повсюду возвратило покорность и спокойствие. В Каире устроили в честь побед в Сирии великолепные празднества. Бонапарт не объявлял о неудавшейся части своих планов, но справедливо гордился многими битвами и прекрасным сражением при горе Фавор, страшной местью Джеззару. Вместе с тем он распространил новые прокламации к населению, в которых говорил, что ему известны все их тайные мысли и доступны их замыслы в самую минуту возникновения. Жители и в самом деле верили странным словам султана Кебира, считали, что он обладает даром разгадывать их мысли.

Бонапарту приходилось сдерживать не только население, но и генералов и самую армию. В ней царило глухое недовольство, происходившее не от трудов, опасностей или лишений, потому что армия не терпела ни в чем недостатка; его вызывала тоска по родине, которая повсюду преследует французов. Вот уже год, как они были в Египте, и шесть месяцев, как не получали никаких известий из Франции; ни один корабль не мог достичь Египта, и мрачная печаль овладела всеми. Ежедневно офицеры и генералы просили отпуска в Европу.

Бонапарт разрешал отпуска нечасто или в таких выражениях, что опасались бесчестия. Сам Бертье, верный Бертье, пожираемый страстью, попросил отпуска в Италию; он был пристыжен за свою слабость во второй раз и отказался ехать.

Генералы, подававшие пример ропота, молчали в присутствии Бонапарта и смирялись перед его превосходством. Лишь с Клебером у него происходили столкновения; раздражение Клебера проистекало не от упадка духа, но от обычного непослушания. Потом они всегда мирились, потому что Бонапарт любил великую душу Клебера, а Клебера неизменно очаровывал гений Бонапарта.

По-прежнему находились в неведении относительно европейских событий и поражений Франции. Знали только, что на континенте беспорядок и неизбежна новая война. Бонапарт с нетерпением ждал новых известий, чтобы принять какое-нибудь решение и возвратиться, если это будет необходимо, к первому театру своих подвигов. Но прежде он желал уничтожить собравшуюся на Родосе турецкую армию, чьей близкой высадки ожидали.