Будучи, однако, морским офицером, а не градоначальником, не имея в своем подчинении квалифицированных финансистов, а главное – влиятельных друзей в английской администрации в Индии, столкнулся с большими неприятностями. Чиновники в Бомбее, отвечавшие за финансы, взирали на Аден, как на некое «бремя», ежемесячно обходившееся казне в 150 тыс. фунтов стерлингов. И хотя деньги эти шли в основном на содержание базировавшегося в Адене британского гарнизона, вопросов к Хэйнсу с их стороны было немало. Когда же очередная проверка финансов Адена выявила дефицит в 28 198 фунтов стерлингов, то С. Хэйнса отозвали в Бомбей, отдали под суд и посадили в тюрьму. Провел он в ней долгие шесть лет. Вышел на свободу 9 июня 1860 г., по распоряжению нового генерал-губернатора Бомбея. Подхватил дизентерию, и умер (16.06.1860), в возрасте 58 лет, на борту английского торгового судна, стоявшего на рейде в порту Бомбея и готовившегося идти в
Англию. Был похоронен на кладбище бомбейского района Колаба (Colaba). На надгробной плите этого неординарного человека, пишет Гордон Вотерфилд, указаны только его имя и дата смерти. Но истинным «мемориалом» С. Хэйнса стало его наследие – британский Аден (11).
Надо сказать, что смещение Стаффорда Хэйнса немало удивило шейхов южнойеменских племен, которые привыкли к нему и рассматривали его как «одного из своих султанов» (даже в 1920-х годах жители южнойеменской глубинки, по воспоминаниям работавших в Йемене советских дипломатов, обращаясь к аденцам, называли их «детьми Хэйнса»). Полагая, что англичане «с уходом Хэйнса из Адена», должны почувствовать силу арабов и пойти на кое-какие уступки, племена взбунтовались, и перекрыли все караванные пути и дороги, шедшие в Аден. Преемник Хэйнса, полковник Джеймс Аутрем (James Outram), провел несколько кампаний, чтобы подавить волнения. Аналогичные действия несколько раз предпринимал впоследствии и его преемник, бригадный генерал Коглен (Coghlan).
Султан Лахджа, будучи недовольным тем, что английские агенты в Адене, после С. Хэйнса, вошли в прямые, минуя его, отношения с шейхами племен и правителями княжеств Южной Аравии, наглухо блокировал в 1858 г. дорогу на Аден и захватил несколько двигавшихся по ней торговых караванов с товарами английских подданных. Затем ввел войска в Шейх ‘Усман, откуда мог плотно контролировать все пути, связывавшие Аден с внутренними территориями. Отрезал также англичанам доступ к располагавшимся там колодцам с пресной водой, в которой они остро нуждались.
Генерал Коглен отреагировал на эти действия султана Лахджа военным походом, силами аденского гарнизона. Потеснил арабов из Шейх ‘Усмана, а тамошний форт взорвал. Затем подписал договоры с султаном Нижнего ‘Авлаки и с