После реставрации Стюартов в 1660 г. англиканская церковь вернулась к власти. С 1661 г. от любого лица, вступавшего на государственную или муниципальную должность, требовалось принесение присяги по англиканской формуле. В 1664 г. был принят «Акт о незаконных сборищах», запретивший всякие отправления религиозных культов помимо официальной церкви. Если в доме собирались на молитву, кроме хозяина и его семьи, свыше пяти человек, это считалось уголовным преступлением и каралось тюрьмой или ссылкой. Бедный лудильщик Джон Баниан, впоследствии знаменитый религиозный писатель, в 1660 г. попал в тюрьму на 12 лет за проповедь Евангелия в пуританском духе.

Англиканские священники и епископы развернули с церковных кафедр широкую пропаганду против пуритан. Распространение пуританской литературы запрещалось. Шпионы выслеживали тайных нонконформистов; по доносу на них налагались огромные штрафы. Религиозные собрания пуританских сект разгонялись с неистовой жестокостью: проповедников и их слушателей побивали камнями, тащили в тюрьмы, выслеживали, штрафовали. На пуританскую литературу королевской цензурой были наложены запреты. Правда, полностью к дореволюционному господству англиканская церковь не вернулась: она не оперировала больше судом Высокой комиссии, епископы не занимали ведущих государственных должностей. Однако свое доминирующее положение в стране и статус государственной церкви англиканство сохранило и после «славной революции».

Лютеранская церковь с начала XVII в. переживала то, что исследователи называют периодом ортодоксии, разрабатывая и оттачивая свою конфессиональную теологию. Библия для лютеран являлась главным фокусом и единственным источником их вероучения. Поскольку сам Лютер, подчеркивая абсолютный авторитет Писания, не развил теории его происхождения и инспирации, лютеранские теологи XVII в. сосредоточились именно на этих вопросах. При этом они отнюдь не отвергали аристотелевой метафизики, господствовавшей в теологической мысли средних веков. Более того, они попытались применить к изучению Библии аристотелианский принцип различения между материей и формой. Они полагали, что материей в Библии является сам ее текст, состоящий из букв, слов и предложений; формой же — смысл текста, те идеи, которые Бог хотел через нее сообщить человеку. При этом они подчеркивали, что, хотя различие между физическим текстом Писания и спиритуальным Словом Божьим существует, реального разделения между ними не происходит.

Текст Писания вдохновлен Святым Духом; но это не результат индивидуального откровения пророков или апостолов. Это влияние Святого Духа, связанное именно с написанием священного текста; оно действовало только в тот момент, пока Слово писалось; вне этого акта писавший его не являлся носителем или восприемником Святого Духа. Этот последний тезис был специально направлен против католической доктрины, утверждавшей, что Святой Дух, сошедший на апостолов, передавался от них церковным иерархам.