Богодухновенность Писания, считали лютеранские теологи, является полной и буквальной; каждое слово в Библии прямо продиктовано Святым Духом, хотя оно и носит отпечаток индивидуальности писавшего. С течением времени буквалистские тенденции в сочинениях лютеранских богословов становились все более определенными.

Стараясь защитить свое учение от настойчивых попыток (проявившихся особенно в конце XVII в.) научно-критического изучения Библии, лютеранские теологи утверждали, что теология не наука, а вероучение. Ее главный объект не вето иной, как сам Христос, которого познать можно только верой, а ее основная цель — достижение спасения души через веру и благочестие. Они решительно отвергали всякие попытки объявить теологию теоретической дисциплиной, которую каждый, даже неверующий, может изучать из простого любопытства. Кроме того, им пришлось обороняться и от социнианского рационализма (о социнианах в XVII в. будет сказано ниже), принимавшего в Писании только то, что подвластно исследованию разума. В этом учении лютеранам виделась страшная угроза отрицания богодухновенности Слова Божия и превращения разума в главного арбитра в вопросах веры. Отвечая на эту угрозу, лютеранские богословы постоянно подчеркивали, что в основе всех утверждений Библии лежит откровение и что критиковать их — значит впадать в грех гордыни.

Такой путь развития лютеранского богословия, господствовавшего в германских университетах, получил название «протестантская схоластика», тем более что лютеранские теологи, подобно своим врагам — иезуитам, широко использовали аристотелианскую метафизику и далеко отошли от первоначальной свежести, искренности и свободы учения самого Лютера. Попытка систематизации и детализации всех доктрин и постулатов вероучения омертвляла его, делала сухим и догматическим. Она, однако, помогла значительной части европейских христиан сохранить свою веру в последующий век рационализма, религиозного индифферентизма и деизма.

Не меньшее значение, чем лютеранская церковь, имела в Европе XVII в. кальвинистская, или реформатская, церковь, которая тоже претерпела существенные изменения. Ее зачинателями в XVI в. были швейцарские реформаторы Цвнигли и Кальвин, разработавшие теологию предопределения — божественного избранничества и предназначения ко спасению и вечной жизни одних (немногих) и извечного проклятия и обреченности геенне других. В отличие от лютеран, признававших истинное присутствие тела и крови Христа в момент литургического пресуществления хлеба и вина, реформаты считали обряд причащения лишь напоминанием о Тайной вечере, знаком веры и духовного приобщения ко Христу (Христос, по учению Кальвина, лишь духовно присутствует по вере в сердцах участников этого таинства). Другим отличием доктрины кальвинизма от лютеранства было то, что кальвинисты настаивали на абсолютной греховности всех людей и полностью отвергали значение добродетели и добрых дел для спасения: для них все в человеческой судьбе было заранее предопределено непреложной божественной волей. Христос на кресте умер лишь для тех, кто избран ко спасению.