Наконец, перевод Библии на европейские языки дал толчок научному ее изучению и критике. Ученые могли сравнивать древнееврейский, греческий и латинский тексты и выявлять ошибки в переводах и смысловые несообразности, а простые люди получили возможность читать и понимать Священное Писание по своему усмотрению, прежнее благоговение заменяя рассудочными толкованиями.

С начала XVII в. появляется и новая философия: эмпиризм и рационализм. Начало ей положил Фрэнсис Бэкон (1561–1626). В появившемся в 1620 г. труде «Новый органон» он разработал индуктивный метод познания природы, который, как полагал автор, должен был заменить собой широко распространенный дедуктивный метод Аристотеля, принятый в средневековой науке. Вместо следования за авторитетами этот метод предлагал самостоятельное изучение фактов, эксперименты, на основании которых должны делаться обобщения и вырабатываться научные законы. Эмпирическую и рационалистическую философию создавали Джон Локк (1632–1704), Рене Декарт (1596–1650), Барух Спиноза (1632–1677). Эти ученые полагали, что Бога, как и природу, можно понять с помощью человеческого рассудка, опираясь на научный метод.

Такой религией рассудка стал деизм, который возник в XVII в. в Англии и распространился оттуда на Францию, Германию и Америку. Деисты верили, что трансцендентный Бог покинул свое творение после того, как его создал, дав ему природные законы. Эти законы человек может постичь с помощью рассудка и строить свою жизнь в соответствии с ними. Бог, таким образом, удалялся от человека и мира, становился «отсутствующим Богом». Деисты отрицали чудеса, богодухновенность Библии, откровения и пророчества, а также богочеловечество Христа. Христос для них был лишь моральным учителем, призывавшим поклоняться единому Богу и проповедовавшим добродетель и благочестие, которым деисты придавали большое значение; они и означали для них поклонение Богу. Соответственно и Библию они рассматривали более всего как свод нравственных законов и правил. Деисты верили в бессмертие души и посмертное воздаяние, но и эти представления пытались подчинить соображениям рассудка.

Такие взгляды были впервые высказаны Эдвардом Гербертом, лордом Чербери (1583–1648). В своем труде «Об истине» он сформулировал главные идеи деизма: существование Высшего разума, или Бога; необходимость для человека поклоняться и служить ему; важность добродетели и благочестивой жизни для служения Богу; необходимость покаяния; признание, что за земной жизнью следует иная, в которой человек получит справедливое воздаяние за свои земные дела. Эти положения были развиты Чарлзом Блаунтом (1654–1693), Джоном Толандом (1670–1722), написавшим известный трактат «Христианство без тайн», лордом Шефтсбери (1671–1713). Они доказывали, что в христианстве нет никакой мистики, что основные его положения могут быть доказаны с помощью разума, а то, что не поддается разуму, должно быть отвергнуто.