В июне 1917 года Бошкович стал членом РСДРП(б), что отличало его от большинства руководителей Торгсина, которые вступили в партию большевиков уже после их прихода к власти. Согласно автобиографии, в Октябрьские дни Бошкович участвовал в захвате здания городской думы в Дубовке (там в тот момент шло заседание), затем был комиссаром уездного исполкома и организатором местного подразделения Красной гвардии. Осенью 1918 года Бошкович возглавил организацию иностранных коммунистов в губернском комитете большевиков в Саратове. В декабре 1918 года он стал «председателем австро-венгерского совета рабочих депутатов» в Астрахани. С начала 1919 года Бошкович – в действующей Красной армии: член Реввоенсовета Каспийско-Кавказского фронта (Астрахань, 1919), начальник 1-й Интернациональной дивизии (Киев, 1919), командир 3-й бригады 44-й дивизии, член Военной комиссии при РВС Республики (Москва, 1920), начальник штаба Отдельной Заволжской бригады 6-й армии (1920), начальник штаба корпуса по борьбе с Махно (1921). Он участвовал в боях под Царицыном и в операциях против Врангеля. В 1919 году «за ликвидацию банды зеленых» получил от военного наркома Украинской республики шашку с серебряной рукоятью. В 1921 году «за умелое руководство и отличие в боях против белых банд в 1920 году» Реввоенсовет Республики наградил Бошковича орденом Красного Знамени и золотыми часами.

После окончания Гражданской войны Бошкович завершил свое партийно-идеологическое образование на курсах марксизма. Затем он работал в украинском руководстве: в 1921 был главным санаторным врачом и заведующим орготделом в Наркомате здравоохранения УССР; а в 1922–1923 – членом ВУЦИК и СНК УССР, а также полпредом УССР при заграничной организации «Помгола». В 1923–1925 годах выполнял обязанности консула СССР в Кенигсберге в Германии (кроме родного венгерского, Бошкович владел русским, немецким, румынским, французским и английским языками). Затем партия перебросила его на хозяйственную работу в ВСНХ, где он работал до весны 1931 года (начальник административного отдела, начальник палаты мер и весов, др.).

С весны 1931 года Ю. С. Бошкович начал работать в советской торговле, сначала замом председателя Химимпорта, потом – замом председателя Правления Торгсина, а затем – директором Союзмехторга. Одновременно учился в Институте им. Плеханова на факультете общественных наук. Избирался членом Моссовета, был инструктором Краснопресненского районного совета Москвы. В 1933 году парторганизация Торгсина наградила Бошковича грамотой и значком за хорошую организацию торговой сети. Действительно, голодный 1933 год, когда Торгсин переживал бурный рост, требовал напряжения сил его работников.