Часто посещая дом русского консула, отец Николай не раз сталкивался в коридорах с суровым и надменным японцем, который преподавал сыну консула искусство фехтования. Это был Савабэ – жрец синтоистского храма, самурай, знаменитый мастер боя на мечах. Он состоял в тайной организации, ставившей целью истребить в Японии всех иноземцев. Однажды самурай не смог сдержать своего гнева и заявил при встрече священнику: «Вас, иностранцев, нужно всех перебить… Ты же со своей проповедью более всех вредишь Японии». Николай на гневную тираду японца спокойно ответил: «А разве справедливо хулить то, чего не знаешь? Выслушай сначала меня, а потом и суди. Если мое учение будет худо, тогда я и сам уйду». Самурай нехотя, но согласился слушать. Сначала он прерывал миссионера, злословил и смеялся, но постепенно начал все глубже задумываться, а потом и сам попросил о новой встрече для продолжения беседы. После нескольких таких бесед перед изумленным японцем открылась истина христианства. Об этом первом своем ученике отец Николай писал: «Ходит ко мне один жрец древней религии изучать нашу веру. Если он не охладеет или не погибнет от смертной казни за принятие христианства, то от него можно ждать многого…» И надежды Николая оправдались. Самурай крестился. За это он подвергся преследованиям: дом его был сожжен, самого бросили в подземную тюрьму. Но, выдержав все испытания, он не ослабел в вере и впоследствии стал первым православным священником-японцем.

В 1904 году святителю Николаю предстояло пережить тяжкое испытание – русско-японскую войну. Оставшись в Японии один, Николай разослал по всем храмам официальные послания, в которых отмечал, что «патриотизм есть естественное и верное чувство каждого христианина» и предписывал «молиться о победе японских войск». Этим он сохранил Японскую Церковь невредимой от гонений властей. Сам же святитель в это время не участвовал в общественных богослужениях.

После отмены закона о противостоянии чужим религиям в Японии была учреждена Русская духовная миссия во главе с отцом Николаем, который вскоре начал строительство кафедрального собора в Токио. Удачно расположенный православный собор стал одним из самых высоких зданий в столице. На его освящении присутствовало уже 19 японских священников и более 4 тысяч христиан. Такой успех миссии Николая Касаткина объясняется тем, что

Японская Православная Церковь с самого начала имела национальные черты. Миссионер бережно относился ко всем проявлениям японской культуры. Например, в православных храмах Японии, по местному обычаю, ходили босиком, проповеди слушали сидя на полу. «Вначале завоевать любовь, а потом нести слово» – это было руководящим правилом всей деятельности апостола Японии. И чуткие японцы отвечали Николаю взаимностью. «Все глубоко уважают его и питают к нему искреннюю любовь и преданность, – писал впоследствии один из его воспитанников, – не только христиане, но и люди других религий». Так, однажды святитель зашел, чтобы послушать проповедь в буддийский храм. Храм был переполнен. И тогда настоятель подвел его к жертвеннику, снял с него дорогие украшения и любезно предложил сесть, к великому удивлению растерявшегося миссионера.