В процессе исканий Булгаков вновь возвращается к проблемам вечности, к религии. В тридцать лет он издает сборник своих статей, который уже называется «От марксизма к идеализму». В нем Булгаков показывает, что, кроме экономических, хозяйственных проблем, существуют и проблемы духовные. И без возрождения духа не будет и возрождения экономического. С этого момента дальнейший путь Булгакова раздваивается. Он и историк, и экономист, и философ. Булгаков продолжал читать лекции в университете по «Истории экономических учений», в которых теперь начинал курс с ветхозаветного учения, основанного на духовных аспектах бытия.

Перед самой революцией Булгаков окончательно возвращается в лоно Церкви. Этому способствовала отчасти и семейная трагедия. Булгаков очень тяжело переживал смерть одного из детей, находя утешение в беседах с оптинскими старцами. На Всероссийском Поместном Церковном Соборе 1917–1918 годов он уже является активным церковным деятелем, секретарем, составляет важнейшие соборные документы. Избранный патриарх Тихон особо высоко ценил Сергея Николаевича Булгакова. И когда тот обратился к нему с просьбой о рукоположении в священный сан, святитель Тихон ответил: «Сергей Николаевич, Вы нам в сюртуке больше нужны», имея в виду, что общественная, политическая, научная, публицистическая, философская деятельность Булгакова была для патриарха очень важна. В конечном итоге, уступая просьбам Булгакова, он дает свое благословение на его хиротонию. После хиротонии Булгаков записывает в дневнике: «Как правы оказались те из моих друзей, которое говорили в шутку, будто я родился в епитрахили. После того как меня рукоположили во священники, я стал окрыленным… Это было как будто возвращение к исконному призванию, к собственной природе!»

После революции Булгаков с семьей уезжает в Крым, а затем покидает Россию. Его принимают сначала Константинополь, затем Берлин, потом Париж. Там он становится преподавателем Свято-Сергиевского богословского института, служит в домовом храме, ведет кафедру догматического богословия и создает свои грандиозные произведения, уже в сфере богословской. У него было много учеников. Большинство из них рассказывали о его необыкновенной теплоте, душевности, мудрости, удивительной эрудиции. Булгаков любил собирать у себя дома семинары для обсуждения важнейших церковных и богословских тем. Он поднимал массу спорных вопросов и потому был уязвим, как каждый мыслящий вслух человек. За отказ поддержать раскол в Русской Церкви его попытались обвинить в ереси. Однако Булгаков никогда не претендовал на абсолютную истину. Его размышления всегда были лишь богословским мнением, с которым можно было соглашаться или не соглашаться, но которое всегда имело место в Церкви.