Современники говорят, что донос этот был выдуман боярином Милославским для скорейшего погубления Хованского. Как бы то ни было, Софья решилась привести в исполнение то, чем грозила во время раскольничьего возмущения: оставить Москву и поднять против стрельцов дворян и детей боярских. Под видом богомолья она выехала из Коломенского в Саввино-Сторожевский монастырь, откуда поехала к Троицкому монастырю и остановилась недалеко от него, в селе Воздвиженском, разослав грамоты по городам, призывая служилых людей для усмирения бунтующих стрельцов и Хованского. Хованский вместе с сыном был схвачен на дороге из Москвы к Троице, куда ехал по приглашению Софьи, и привезен в село Воздвиженское».

Итак, Коломенское в очередной раз стало местом, где решалась судьба государства. Царское семейство в сопровождении стольников и в полном составе (оба царя, вдовы-царицы и восемь царевен во главе с Софьей) бежало сюда из Кремля 4 августа 1682 года, убоявшись слухов о возможном перевороте – захвате власти стрельцами. Летопись сообщает: «Того же году в 4 день великие государи и великие князья Иоанн Алексеевич и Петр Алексеевич всеа Великия и Малыя и Белыя России самодержцы пошли из Москвы в поход в село Коломенское. И в Коломенском были немалое время». Немалое время – это месяц, в течение которого царская семья, разместившаяся в Коломенском дворце, пережидала смутные дни. Древняя усадьба временно приобрела значение второго, противостоящего Кремлю, центра власти. Хованский оказался в замешательстве. Стрельцы не решились бы взять приступом Коломенское. Политическая обстановка в стране постепенно менялась. А после получения в Коломенском подметного письма 2 сентября 1682 года Софья приобрела сильный козырь против стрельцов и их предводителя.

Казнь Ивана Хованского 17 сентября 1682 года в селе Воздвиженском по обвинению в намерении извести царей Ивана и Петра стала прологом к разгрому Хованщины. Местные жители до сих пор рассказывают историю о бродящих по округе призраках отца и сына Хованских, требующих похоронить их по-людски, в земле, а не в болоте, куда их сбросили после казни. При этом они низко кланяются, снимая шапки, причем вместе с головами.

Сыграв свою важнейшую роль в подавлении Хованщины, Коломенское уже не привлекало внимания правительницы Софьи. Да ей было и не до этого. Впервые за многие века во главе государства встала женщина, что не могло не сказаться на характере ее правления, длившегося семь лет. Взять хотя бы сравнительно мирное подавление Стрелецкого бунта 1682 года, не идущее ни в какое сравнение с теми жертвами, что были понесены в 1698 году, когда головы стрельцов рубил лично Петр I. Но это уже новый этап в истории Российской империи и Коломенского…