В декабре 1929 г. о. Владимир стал бездомным. Его дом продали с торгов за неуплату налога. Священник перебрался жить в церковную сторожку, где 4 февраля 1930 г. его арестовали. Милиционер, арестовавший его, не имел ордера на арест, руководствовался устным приказом начальства.

6 февраля 1930 г. состоялось расширенное заседание Пленума бедноты Тимского сельсовета, на котором обсуждался вопрос о раскулачивании и выселении враждебно настроенных граждан. В список подлежащих раскулачиванию и выселению за пределы Центрально-Черноземной области протоиерей Владимир попал как «священник с 25-летним стажем». На самом деле священнический стаж у о. Владимира был на 12 лет больше.

21 февраля в Курском Домзаке, куда направили о. Владимира, его осмотрел доктор, который нашел у арестованного миокардит и признал его неспособным передвигаться на большие расстояния пешком.

Уличить о. Владимира в антисоветской деятельности сотрудникам ОГПУ оказалось сложно. «Спасский крайне осторожен и ведет таковую подпольно, действуя через других лиц», – писал автор обвинительного заключения.

Настораживало ОГПУ даже то, что в последнее время о. Владимир не произносил проповедей, из чего сделали вывод, что: «Спасский ожидает политического переворота в стране, который даст ему возможность говорить свободно, и создается впечатление, что советская власть возбраняет свободу слова».

Виновным себя в антисоветской агитации о. Владимир не признал. На допросе священник заявил, что считает себя в первую очередь священнослужителем, представителем тихоновской церкви, а не политическим деятелем, борющимся с советской властью. Даже в самой идее коллективизации священник не видел ничего противоречащего духу Евангелия и сказал, что «подчиняется всякой власти и служит народу». К огорчению следствия, Спасский «упорно» не назвал никого из «бывших членов СРН», сославшись на свою «забывчивость».

Отводя обвинение в выдаче «белым» для расстрела большевиков, священник предъявил справку селькресткома, предусмотрительно взятую им 23 декабря 1929 г. В справке говорилось: «Священник Спасский во время нашествия белых банд в поселке Тим в 1919 г. отстаивал граждан от расстрела, и агитаций от него явных нет».

24 марта 1930 г. дело в отношении отца Владимира прекратили на основании распоряжения ПП ОГПУ по ЦЧО от 21.02.1930 г., № 45056.

«С 1934 по 1941 г. в Курской области было закрыто 792 храма», в том числе и храм Воздвиженья Креста Господня в Тиме.

21 июля 1939 г. Крестовоздвиженский храм был закрыт по решению Президиума Курского облисполкома и передан под «культурные нужды». Протоиерей Владимир перешел служить в другую тимскую церковь – кладбищенскую.