Ошибки российской дипломатии, повлекшие за собой начало войны с Японией, поставили перед русской армией трудные задачи. Ее стратегические резервы были удалены от театра военных действий, мобилизация запаздывала, главнокомандующий на Дальнем Востоке адмирал Е. Алексеев действовал нерешительно. Малоудачное начало войны потребовало изменений в командном составе действующей армии, и 8 февраля 1904 г. последовало назначение Куропаткина командующим Маньчжурской армией. Перемещая его с поста военного министра на Дальний Восток, Николай II сопроводил это назначение рескриптом, где говорил: «Расставаясь с Вами и желая выразить Вам мою глубокую признательность за шестилетний просвещенный труд Ваш на пользу моей дорогой армии, жалую Вам бриллиантовые знаки ордена святого благоверного князя Александра Невского… Напутствуя Вас на Дальний Восток в действующую армию, поручаю Вам передать моим доблестным войскам мой Царский привет и мое благословение. Да хранит Вас Господь!»

Назначение Куропаткина командующим у многих вызвало скептицизм. «А кто же будет при нем Скобелевым?» – иронизировал генерал Драгомиров. Исполнение Куропаткиным должности командующего Маньчжурской армией, а с 13 октября – главнокомандующего вооруженными силами на Дальнем Востоке не принесло ему лавров, хотя в генерала, озаренного лучами скобелевской славы, многие поначалу верили. Разочарованный своей деятельностью на посту военного министра и неуверенный в силе русской армии, Куропаткин оказался неспособным компенсировать недостатки армии личными качествами полководца и военачальника. Неудачи в бою под Вафангоу, в сражениях под Ляояном, у реки Шахэ и сдача Порт-Артура показали, что России трудно рассчитывать на успех в войне. Подрывал силы армии и малопонятный смысл этой войны. Проявляя большую заботу о тыле войск и отдавая множество боевых распоряжений, Куропаткин не умел сосредоточиться на главных вопросах организации операций, на решительном проведении своих замыслов в жизнь. Под влиянием неудач главнокомандующий склонился к мысли о ведении оборонительной войны «на истощение». Но нового Кутузова Россия так и не увидела. Храбрый и неустрашимый по существу, командующий избегал объезда позиций перед сражениями для ободрения войск, а его письменные приказы мало воздействовали на солдат. Бесплодная атака Сандепу (январь 1905 г.), поражение в Мукденском сражении (март) и победа японского флота в Цусимском сражении (май) вынудили Россию признать бесперспективность дальнейшей борьбы и пойти на мирные переговоры с Японией.