Общее количество научных организаций в РФ было 4037 в начале 2012 г.; после падения на 13 % за период начиная с 1990 г., в основном за счет ликвидации проектных организаций, которые использовались для проведения научных исследований. Несмотря на обособ ленность научно-исследовательских институтов РФ, отделенных от университетов и предприятий в отличие от промышленно развитых стран, их число продолжает расти. Занятость и расходы за период 1990–2011 гг. в сфере НИОКР снизились наполовину, а количество научно-исследовательских институтов увеличилось в 1,5 раза (рост с 1 800 до 2700), что способствует увеличению расходов на привлечение персонала на 70–80 %. Единственная форма институциональных изменений касается изменения организационно-правовой структуры (разделения существующих организаций или создание новых научно-исследовательских институтов в качестве юридических лиц), а не улучшения научно-исследовательского потенциала фирм и университетов, хотя они составляют основу инновационных систем в странах с развитой рыночной экономикой.

Примерно 2900 научных организаций находятся в государственной собственности в России (в отличие от нескольких десятков в США, Великобритании, Германии или Японии). Их финансирование осуществляется в основном из федерального бюджета. Таким образом, бюджетные ассигнования, которые стали значительно меньше в реальном выражении, должны быть растянуты между растущим числом организаций. Поскольку государственный сектор НИОКР разваливается, появляется небольшое число более или менее успешных единиц, в то время как остальные сохраняют формальный статус научно-исследовательских институтов при том, что в них практически прекращена научно-исследовательская деятельность и вместо этого они занимаются различными видами бизнеса: из всех занятых в секторе НИОКР вспомогательный персонал составляет 44 %, 40 % не имеют высшего образования. Кроме того, финансирование небольших исследовательских организаций в РФ остается недостаточным, в то время как небольшие научно-исследовательские подразделения могут играть положительную роль, а их дальнейшее разделение может привести к появлению множества нежизнеспособных фирм.

2. Корпоративные отделы НИОКР, интегрированные в реальный сектор экономики должны играть ключевую роль в продвижении инновационной деятельности. В ведущих промышленно развитых странах, это фирмы, которые составляют основную часть сектора высоких технологий: 65 % в ЕС, 71 % в Японии и 75 % в США.

Российские предприятия имеют скудный научно-технический потенциал (только 6 % от общего числа расходов приходится на научные исследования) и склонность решать узкоспециализированные, краткосрочные, технические проблемы своей компании, в основном связанные с адаптацией результатов внешних исследований, направленных на решение внутрипроизводственных задач.