Организационное разделение и институциональные барьеры между разработкой наукоемких технологий и фирмами привели к разрыву между исследовательской деятельностью и инновациями. Старая экономическая система, используемая для обеспечения работы научно-исследовательских институтов и конструкторских бюро была предназначена в первую очередь для стимулирования исследований, а не инноваций. Отсутствие баланса между этими двумя видами деятельности привело к низкой эффективности исследований, их невысокому качеству и, как следствие, низким технологическим стандартам в производстве и в других секторах, в целом плохому состоянию производственных мощностей и, в конечном счете низкого конкурентному статусу отечественной продукции. Этот разрыв между наукой и инновациями не был ликвидирован: статистика показывает, что научно-исследовательские организации, а также университеты имеют очень низкий рейтинг в качестве источников технологических инноваций.

Такой низкий спрос на результаты научных исследований (менее 5 % от всех зарегистрированных изобретений стали предметом коммерческих сделок в 1992–2011 гг.) объясняется их слабой адаптацией для практической реализации. К недостаткам таких сделок следует отнести: во-первых, высокую стоимость их реализации по причине существенных рисков для компаний, а во-вторых, отсутствие гарантий, обеспечивающих, что технические параметры, заявленные изначально, могут быть достигнуты в процессе внедрения.

Более 70 % всех изобретений представляют собой незначительные улучшения для существующих и, по большей части, устаревшего оборудования и технологий. Такие изобретения просты в реализации, так как они не требуют длительной модификации производственных мощностей или радикальных технологических изменений, однако их экономический эффект распространяется не более чем на два-три года. Новые типы машин имеют, по большей части, плохие технологические характеристики и не отвечают современным стандартам качества. Менее одной трети имеют документы защиты прав интеллектуальной собственности, 75 % не имеют сертификатов качества или безопасности, у 64 % отсутствуют стандарты технического обслуживания и технологии утилизации отходов. В результате многие инновационные компании предпочитают покупать готовое, в первую очередь импортное оборудование, а не недостаточно укомплектованные отечественные технологии.

Диффузия инноваций остается слабым местом экономики РФ, так же, как и в условиях централизованного планирования. Как правило, новация осуществляется не более чем в одном или двух предприятиях. Даже в тех областях, где РФ занимает лидирующие позиции в создании базовых инноваций, она отстает в скорости диффузии, как это произошло, например, в выплавке стали и ее переработке. Другой стороной медали является то, что часто заимствуются ненужные иностранные технологии там, где созданы эффективные отечественные аналоги.