В 1793 году по метрическому свидетельству старшего брата Жозефа Люсьен устроился смотрителем военных складов в маленьком городке Сен-Максимен, а 4 мая 1794 года по тем же документам женился на трактирщице Кристине Бойер (1773–1800). После падения якобинской диктатуры вынужден был покинуть город и 1795 году с трудом получил место инспектора военных обозов близ Сета в Лангедоке. Вскоре как активный якобинец был разыскан полицией, заключен в тюрьму и приговорен к гильотине, но 5 августа стараниями Наполеона освобожден и назначен военным комиссаром Рейнской армии.

Не сумев справиться со своими обязанностями, в 1796 году оставил армию и уехал в Брюссель, а затем к брату в Италию. Наполеон отправил его на только что отбитую у англичан Корсику, в помощь брату Жозефу. В апреле 1798 года деньги и слава Наполеона позволили Люсьену добиться победы на выборах в Совет Пятисот, где он стал одним из яростных критиков вождей Директории, одновременно пытаясь заниматься публицистикой и литературой. Заняв после ряда интриг пост председателя Совета Пятисот, совместно братом Жозефом (секретарем Совета), а также Талейраном и Сийесом, организует заговор против Директории. 18 брюмера он разогнал Совет Пятисот, а на следующий день объявил о ликвидации Директории и учреждении Консульства.

В декабре 1799 года, после принятия конституции Восьмого года республики, стал министром внутренних дел. Развернул широкую пропаганду за восстановление во Франции монархии с династией Бонапартов на тропе, но одновременно пытался интриговать против Наполеона. Но последний, будучи невысокого мнения об административных талантах брата и зная о его нечистоплотности, в 1800 году снял его с должности министра и отправил посланником в Мадрид. Там Люсьен сумел добиться расположения испанского короля Карла VI, который 21 марта 1801 года заключил военный союз с Францией. В 1802 году вернулся в Париж, в следующем году назначен сенатором, но начал фрондировать против Первого консула и отказался жениться на падчерице Наполеона Ортанс де Богарне или испанской инфанте Марии Луизе.

Осенью 1803 года Люсьен женился на молодой вдове Александрине Жубертон (урожд. Блешан, 1778–1855), после чего окончательно рассорился с Наполеоном, в апреле 1804 года покинул Францию и поселился в Риме, где ему покровительствовал папа Пий VII. Вел частную жизнь, отказывался мириться с братом – хотя Наполеон не раз предлагал ему корону какого-нибудь из завоеванных Францией государств и титул имперского принца – но при условии расторжения брака. В конце концов в 1810 году решил уехать со всей семьей в Северо-Американские Штаты, но по дороге был захвачен англичанами и насильно поселен в Англии, где купил поместье Торнгроу и несколько лет жил несколько лет под надзором властей. После падения наполеоновской империи вернулся в Рим, где папа Пий VII удостоил его титула герцога Канино. После этого помирился с братом и способствовал его возвращению с острова Эльба, а в период «Ста дней» выполнял дипломатическую миссию в Швейцарии. После Ватерлоо уговаривал Наполеона разогнать Палату пэров и установить личную диктатуру либо посадить на престол малолетнего Наполеона II. После окончательной реставрации Бурбонов бежал в Италию, был арестован и провел шесть недель в заключении в Турине, затем по милости австрийского канцлера К. Меттерниха освобожден и вновь поселился в Риме, где занимался литературной деятельностью, пытался строить планы побега Наполеона со Святой Елены. После 1830 года переехал в Лондон, вел бонапартистскую пропаганду и писал проекты демократических конституций Франции. Позднее отошел от политики и вернулся в Италию.