В 1950-1952 гг. археологические раскопки города и его ближайшей округи осуществила М.А. Наливкина: тогда был обнаружен небольшой участок южной оборонительной стены, вскрыты на всю толщину (до 5,5 м) культурные напластования памятника, раскопана круглая башня вблизи поселения.
В 1975 г. Б.Ю. Михлин произвел охранные раскопки участка некрополя, где выявил погребения двух типов: трупосожжения (грунтовые могилы, плитовые гробницы, захоронения в амфорах) и кремация. В 1977 г. при строительных работах случайно обнаружили каменный склеп IV—III вв. до н. э. с уступчатым перекрытием.
Новый, третий этап в изучении Керкинитиды начался в 1980 г. С тех пор и до настоящего времени проводятся систематические и планомерные раскопки памятника. Они ведутся на широких площадях (до 2000 м) и затрагивают разные участки древнего городища. В процессе этих работ были изучены на всю глубину (до 5,5 м) культурные напластования до стерильного в археологическом отношении песка или уровня грунтовых вод, разработана хронология памятника, выделено четыре древнегреческих градостроительных этапа и один скифский ярус, выяснены планировка города и характер жилой застройки на разных хронологических этапах, раскрыты фортификационные сооружения, получен огромный и разнообразный археологический материал. Раскопки затронули и некрополь города. Кроме того, для выяснения геологической ситуации в районе древней Керкинитиды было проведено бурение территории памятника, что позволило восстановить древний ландшафт в момент основания колонии и его изменения вследствие человеческой деятельности.