Против сотрудничества с португальцами выступил правитель государства Ситавака Раджасингхе I. Ему удалось собрать большую армию, которая нанесла поражение европейцам. Войска Раджасингхе I захватили не только всю территорию Котте, но также одержали победу над главой Кандийского государства. (Последний нашел убежише у португальцев.) Армия Раджасингхе I начала осаду Коломбо, угрожая важнейшему опорному пункту владений португальцев. Только после прибытия военных подкреплений им удалось ликвидировать опасность и заставить правителя Ситаваки отказаться от осады Коломбо. Вскоре португальцам удалось посадить на кандийский престол своего ставленника, который разбил войска Раджасингхе I. Португальцы организовывали военные экспедиции для захвата территорий Цейлона.

Второй период господства Португалии на острове (1551–1593) характеризовался сочетанием военных захватов и таких методов проникновения, как подкуп, обман, насилие. Португальская колониальная экспансия приводила к усилению эксплуатации населения острова. К 1593 г. под протекторатом Португалии оказались государства Котте и Ситавака, а также государство Джафна, протекторат над которым был установлен в 1591 г. Подчинение государства Джафна и строительство форта Манар поставило под контроль португальцев добычу и торговлю жемчугом.

К концу XVI в. окончательно сложилась система португальского военно-административного правления на острове. После смерти в 1597 г. номинального правителя государства Котте Дхармапалы верховным правителем Цейлона был провозглашен король Португалии Филипп. Отныне он стал верховным собственником земли и обладателем наиболее важных торговых монополий, прежде всего правом торговли корицей. В административном отношении Цейлон не был отдельным колониальным владением, он был подчинен португальскому вице-королю в Гоа. Главнокомандующий португальских войск, являвшийся также главой административной власти на Цейлоне, находился в непосредственном подчинении у вице-короля в Гоа. Главнокомандующий имел заместителей по налоговым и судебным делам. Захваченные португальцами территории были разделены на четыре провинции: Четыре корала, Семь коралов, Матара и Сабарагамува. Всеми вопросами управления в Коломбо ведала специальная палата. Провинция (диссава) включала ряд областей (корала), которые делились на более мелкие административные единицы — патту. Каждое патту обычно объединяло несколько деревень.

Португальцы сосредоточили в своих руках высшие административные функции. Но на захваченных ими территориях острова они сохранили административную структуру, существовавшую там прежде. Глава провинции (дисава) владел землями данной провинции, отвечал за поступление налогов в королевскую казну, а в случае войны возглавлял войска местных солдат (ласкаринов), он также осуществлял судебную власть в пределах провинции. Аналогичные функции, но в рамках отдельной области, выполнял корале видана, находившийся на более низкой ступени административной лестницы. У него в подчинении имелся мелкий чиновник (атукорале), секретарские обязанности исполнял мохоттала, а бухгалтерией ведал канакапулле.