Во время Реконкисты, в основном в Кастилии, в условиях постоянной опасности утраты государственного существования, веры, даже просто жизни, усилились религиозная нетерпимость и враждебность к иноверцам и иноплеменникам. В XIV—XV вв. там появились «статусы о чистоте крови». Все средневековые государства Европы практиковали ограничения в правах иноверцев — мусульман и иудеев в христианских государствах, христиан и иудеев в государствах исламских. Но лишь в Испании многие государственные и церковные посты оказывались недоступными для христиан, в жилах которых текла арабская или еврейская кровь. А это уже начало того, что много позднее назовут государственным расизмом.

В 1474 г. наследник арагонского престола Фердинанд вступил в брак с королевой Кастилии Изабеллой. 1479 г., год восшествия на престол Арагона Фердинанда, считается датой объединения Арагона и Кастилии в единую Испанию. На деле этот процесс затянулся надолго, ибо разные части нового государства сопротивлялись централизации и долго хранили память о местных вольностях. Фердинанд и Изабелла активно взялись за формирование единого государства с сильной центральной властью. Разные по характеру люди: умная, мягкая, доброжелательная, благородная королева и лживый, хитрый, беспринципный король — сходились в одном — в безграничном религиозном фанатизме и безудержном стремлении к абсолютной власти. Все что мешало этому — иноверие, религиозное свободомыслие, государственное инакомыслие, местные вольности, коммунальные права, независимость церкви, привилегии дворянства — подлежало уничтожению. Король с королевой ловко использовали противоречия между сословиями. Еще в XII в. города Кастилии организовались в союз «Санта Эрмандада», т.е. «Святое Братство», ставивший целью борьбу с разбойниками и разбойничавшими рыцарями, и создали для этого особые отряды горожан, нечто вроде полиции. Фердинанд и Изабелла превратили Эрмандаду в вооруженную организацию для борьбы с непокорными дворянами. Та же Эрмандада должна была выполнять полицейские функции еще при одном учреждении — инквизиции.

Инквизиция как орудие борьбы с еретиками существовала в Европе еще с XIII в., но испанские монархи в 1480 г. создали особую королевскую инквизицию, подчиненную королевскому трону, а не папскому престолу. Не только еретики, но и иноверцы, да и просто люди, неосторожно высказавшие сомнения не то чтобы в религии, но в необходимости существования самой инквизиции, подлежали ее суду. Ни в одной стране Европы инквизиция не действовала столь активно. Казнь осужденных именовалась АУТО-ДА-ФЕ, т.е. «акт веры» и проходила публично в торжественной и чуть ли не праздничной обстановке. Инквизиция являлась орудием не только религиозного террора, но и политического сыска. Никто не был застрахован от ее вмешательства. Страну захлестнула эпидемия доносов, тем более, что это было небезвыгодно. Имущество осужденных конфисковывалось, треть шла на нужды самой инквизиции, треть — доносчикам, треть — в казну. За первые 18 лет существования инквизиции в Кастилии трибуналами было осуждено около 104 тысяч человек, причем 8800 приговорено к сожжению заживо.