Далее Гален переходит к обсуждению заболеваний сложных частей тела, продолжая отстаивать в своей классификации телеологический подход: «Те состояния, которые препятствуют функционированию органа не сами по себе, но постольку, поскольку причиняют вред органу, являются не болезнями, но причинами болезни. А если некое состояние, не причиняя вреда самой [сложной] части тела, препятствует ее функционированию, то его уже следует называть болезнью» (фрагмент 6).

Гален неоднократно подчеркивает, что все части тела созданы природой с целью выполнения определенной функции, следовательно, именно повреждения, нарушающие их функцию, и следует квалифицировать как болезни, нарушения, которые «приводят к повреждению действующей части тела», называются причинами болезней (фрагмент 6). Здесь Гален обращается в качестве примера к нарушениям функции нижних конечностей. Ранее он указывал, как неверное обращение с ребенком (неправильное пеленание, слишком ранняя или, наоборот, поздняя двигательная активность) может привести к косолапости или плоскостопию. Далее он указывает на то, что болезни могут стать следствием неверных действий врача: например, неграмотное лечение перелома также приводит к нарушению функции конечности. Нарушения функции (болезни) могут быть и врожденными, формируясь внутриутробно (фрагмент 7). Он разбирает вопрос о заболеваниях внутренних органов, вызываемых закупоркой каналов, через которые при их нормальном состоянии осуществляется дренирование полостей тела. Такая закупорка происходит как на поверхности тела (это Гален ранее иллюстрировал примерами воспалительных заболеваний — рожи и т. п.), так и во внутренних полостях. Однако этот процесс нельзя отождествлять с тезисом методистов о засорении пор. Более того, эта закупорка может быть как собственно заболеванием, так и следствием внешнего воздействия. Например, печеночная вена может быть поражена собственным заболеванием (флебит различного происхождения), а может быть пережата под давлением опухоли соседнего органа. Точно так же закупорка кишечника может являться болезнью, если вызвана воспалительным процессом внутри его, а может быть вторичным проявлением внешнего воздействия. Тогда необходимо говорить о двух болезнях. Ярким примером такой ситуации является развитие лихорадки при воспалительных заболеваниях. Судя по тому, какие примеры приводит Гален — лихорадка при рожистом воспалении, пустулах и т. п., — он имеет в виду не просто повышение температуры, но генерализацию заболевания — формы септицемии. Следует вывод: «…сама закупорка является болезнью, тогда как жидкости представляют собой ее причину. Итак, все болезненные состояния полостей, как являющиеся следствием закупорки, так и произошедшие от несоразмерного расширения, должны быть отнесены к болезненным изменениям структуры органов, так как во всех этих случаях происходит нарушение природного устройства [органа]» (фрагмент 7). Сходным образом Гален оценивает шершавость горла, вызывающую кашель. Здесь речь идет об ассоциации субъективной жалобы больного с объективно наблюдаемым симптомом. Гален прекрасно понимает, что конкретные субъективные ощущения больного означают воспаление или сдавление дыхательного канала.