Дзифакису поверили, однако он, выехав в Афины якобы для того, чтобы отстаивать интересы критян, занялся там вербовкой подонков общества для создания «добровольческих» отрядов по подавлению левых сил на острове. Возвратившись, он приступил по примеру афипского правительства к репрессиям. Сотни членов левых организаций, в том числе 12 их руководящих деятелей, были арестованы.

В ответ на это группы левых напали на ряд полицейских участков и освободили часть арестованных. К ним присоединились вырвавшиеся из концлагерей демократически настроенные солдаты и офицеры, отбывавшие ссылку на Крите в районах Ретимни и Ласитиона с середины 1946 г. Они и до этого неоднократно выражали готовность разоружить охрану и уйти в горы. Но руководство ЭАМ на острове не давало им на то разрешения. В конце концов 50 ссыльных солдат и офицеров все же ушли из лагеря и влились в группу борцов г. Ираклион, возглавляемую Янисом Подиасом. Вместе они впоследствии и составили партизанское ядро на Крите.

Начало партизанского движения здесь относится к более позднему времени, так как группа Подиаса сначала лишь скрывалась в горах, а критские реакционеры еще не решались ее преследовать. Не имея достаточной поддержки на острове, они опасались обострения борьбы.

Но вскоре после этого к Криту подошла эскадра американского флота, и это, как писала «Элефтери Эллада», «зажгло факел поджигателей». Она же сообщала, что «как только американские военные корабли пристали к критским берегам, газета Венизелоса «Кирикс» объявила, будто бы организация ЭАМ г. Кания распространила прокламации против американцев». Под этим предлогом и под защитой орудий военных кораблей США реакционеры начали репрессии против левых, которые в свою очередь оказали им сопротивление.

Борьба разгоралась. Группы патриотов организовали партизанские отряды и, войдя в состав ДАГ, дали решительный отпор брошенным против них правительственным войскам.

К концу 1947 г. на Крите было уже 360 партизан. На их счету имелось немало боевых успехов. Так, в бою близ селения Лакос ими была разгромлена рота противника. Затем партизаны захватили крупнейший на острове аэродром Малэме. Весной 1948 г. силы ДАГ на Крите уже контролировали небольшой горный массив Омалос, расположенный в районе Кании и насчитывавший несколько населенных пунктов.

Неоднократно правительственные войска пытались уничтожить критских партизан. Но долго не могли добиться этой цели.

Лишь в июле 1948 г. им удалось, действуя крупными силами, ликвидировать очаг сопротивления в районе Омалоса. Да и то лишь потому, что командование критских партизан, действуя в соответствии с полученными указаниями, отказалось от своей прежней тактики и решило удерживать фронт. Это и привело к неудаче ввиду многократного превосходства сил противника. Последний смог захватить ряд селений и рассеять партизан, после чего на Крите действовали лишь мелкие группы патриотов, чья борьба уже не могла оказать существенного влияния на общий ход гражданской войны.